<br><br><div class="gmail_quote">2011/1/7 Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
Qin Qiao wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im">
Dear all,<br>
<br>
I came across a problem when I want to make the REMD trajectories continuous.<br>
<br>
What I did:<br>
<br></div>
1. &#39;<a href="http://demux.pl" target="_blank">demux.pl</a> &lt;<a href="http://demux.pl" target="_blank">http://demux.pl</a>&gt; REMD_0.log&#39;          --to get the &#39;replica_index.xvg&#39;<div class="im"><br>
2. &#39;trjcat -f ../REMD_*.xtc -o resort.xtc -demux ../replica_index.xvg&#39;<br>
<br>
It seems smooth. But when I check the rmsd of the output 0_resort.xtc, I found it&#39;s still discontinuous.. with big jumps about 0.5nm..! Could you help me to figure out what&#39;s wrong? Thanks a lot.<br>
<br>
</div></blockquote>
<br>
Have you properly accounted for periodicity effects?<br>
<br>
-Justin<br></blockquote><div><br>It&#39;s the same after I remove periodicity by trjconv -pbc mol -ur compact ...<br> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">

<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Best,<br>
<br>
Qin<br>
<br></blockquote>

-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br>