Make your box bigger?<br><br><div class="gmail_quote">2011/1/6 yuanyuan wang <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:yilin3201@126.com">yilin3201@126.com</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div>dear all,</div>
<div>         I am doing a simulation that have many chains in a box , and I can find a center for them after serval tries.</div>
<div>         I use almost every option of trjconv,-pbc mol,atom,res,whole,nojump , -ur compact, -center , -box to got bigger box, and -boxcenter, -fit ..</div>
<div>         still some chain cannot convert into box. them jump from one box to another ,</div>
<div>         is there any ways that they not jump to another box? </div>
<div>         thanks a lot.</div>
<div> </div><font color="#888888">
<div>                                                                                          yuanyuan</div><br><br><span title="neteasefooter"><span></span></span></font><br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br>