Hi all, <br>I try to make a simulation in methanol. I use gromos43a1 forcefield.<br>My command follow,<br>pdb2gmx -f xxx.pdb<br>editconf -f conf.gro -bt dodecahedron -d 0.8 -o box.gro<br>genbox -cp box.gro -cs methanol216.gro -p topol.top -o solvated.gro<br>
When  grompp for minimization it gives an error:<br>Atomtype CMET not found<br><br>I have used grep to count the methanol molecules and added SOL 660 comment in .top file to tell the number of methanols. <br>Also I added #include &quot;gromos43a1.ff/methanol.itp&quot; line to .top.<br>
<br>Please don&#39;t suggest non-water solvation in how-to part of Gromacs web.<br><br>Could you tell me what missing is?<br><br>best wishes<br>mustafa <br>