<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8">Dear gmx users and developers,<div><br></div><div>I am facing a problem that is new for me and I will appreciate advice from your expertise. I am working with a big protein complex (around 100K atoms, several subunits) and I used g_membed to embed it in a (aprox 24 14 nm) pre-equilibrated POPC membrane, however after embedding and a 1ns of NVT equilibration I tried to proced to the NPT equilibration, but I found my system exploding (things moving to fast), so I tried several methods that came to my mind (like decrease the P-coupling constant, decrease the timestep and some others). After few tries I went back to the NVT  equilibration and took a look to the pressure, for my surprise I found it to be around 1e30! So I ended with a very compressed system on X-Y, I guess given the embedding of the protein in the membrane. Here are the questions:</div>
<div><br></div><div>1) Are there any reasonable simple method to reduce the pressure on the protein/lipid system?</div><div>2) May I expect a very long time to reach the adequate pressure and equilibrium given a possible change on the phase of the lipids by the high pressure?</div>
<div>3) Any other useful direction?</div><div><br></div><div>Extra information: On this step I had frozen the Protein and excluded the Protein-Protein energy.</div><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><div>
<br></div><div>Thanks,</div><div>Daniel Silva</div>