
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    On 8/01/2011 12:56 AM, Micholas Smith wrote:

    <blockquote cite="mid:fb7aff25136db.4d26d526@drexel.edu" type="cite">

      <div style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: 16px;">Hello

        everyone,<br>

        <br>

        I've been performing some rather long simulations (400ns) of a

        short peptide chain in explicit TIP4P water solvent using

        opls-aa forcefield with ionic concentrations near 1M, and I am

        finding a lot of "clustering" of my ionic species. Has anyone

        else run into this type of problem? I am running NPT with a

        temperature of 283K with berendsen coupling. For electrostatics

        iI am using PME, which I have been told works welll with ions in

        solution. The clustering of the ions reminds me of a

        crystallization process, this just doesn't feel like it's

        physical.<br>

      </div>

    </blockquote>

    <br>

    That's weird. What's your .mdp file?<br>

    <br>

    Mark<br>

  </body>

</html>