<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV><BR>Dear Justin</DIV>
<DIV>I want to run a simulation on a system containing DPPC and water(TIP4P-2005).</DIV>
<DIV>I have in my .top file some included .itp files.</DIV>
<DIV>they are:</DIV>
<DIV>lipid.itp</DIV>
<DIV>dppc.itp</DIV>
<DIV>tip4p-2005.itp</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>ffgmx-local.itp <STRONG>(this is the name which we have selected for the modified version of ffgmx.itp)</STRONG></DIV>
<DIV><STRONG>in which they are two included files:</STRONG> ffgmxbon-local.itp <STRONG>&amp;</STRONG> ffgmxnb-local.itp</DIV>
<DIV><STRONG></STRONG>&nbsp;</DIV>
<DIV>I have simulated this system at 310 K without error before. Now I only changed the temp to <STRONG>270 K</STRONG> in the run.mdp file, now using the grompp command I get this error:(I<STRONG> sent you the command line and the error, below</STRONG>) I do not now what is <STRONG>ffdum.itp</STRONG> (you can see error line below)</DIV>
<DIV>you can see below also the part of <STRONG>ffgmx-local.itp</STRONG> which the error is about that part.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>please let me know how to fix the error.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>thanks for your time</DIV>
<DIV>--------------------------------------------------------------------</DIV>
<DIV><BR>-<FONT color=#0000ff>bash-3.2$ <STRONG><FONT color=#4a234a>grompp_mpi -c confout-310-500.gro -f run.mdp -n index.ndx -p topoldppc.top -o topol.tpr -np 8<BR></FONT></STRONG>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#0000ff>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Groningen Machine for Chemical Simulation</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#0000ff>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION <STRONG>3.3</STRONG>&nbsp; (-:</FONT></DIV>
<DIV><BR><FONT color=#0000ff>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out </FONT><A href="http://www.gromacs.org"><FONT color=#0000ff>http://www.gromacs.org</FONT></A><FONT color=#0000ff> for more information.</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#0000ff>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#0000ff>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; grompp_mpi&nbsp; (-:</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#0000ff>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<BR>------------------------------------------------------------<BR>&nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; run.mdp&nbsp; Input, Opt!&nbsp; grompp input file with MD parameters<BR>&nbsp;-po&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mdout.mdp&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; grompp input file with MD parameters<BR>&nbsp; -c confout-310-500.gro&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic structure: gro g96 pdb tpr tpb<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tpa xml<BR>&nbsp; -r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic structure: gro g96 pdb tpr tpb
 tpa<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xml<BR>&nbsp;-rb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic structure: gro g96 pdb tpr tpb tpa<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xml<BR>&nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; index.ndx&nbsp; Input, Opt!&nbsp; Index file<BR>-deshuf&nbsp; deshuf.ndx&nbsp; Output, Opt. Index file<BR>&nbsp; -p&nbsp; topoldppc.top&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Topology file<BR>&nbsp;-pp&nbsp; processed.top&nbsp; Output, Opt. Topology file<BR>&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; topol.tpr&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 Generic run input: tpr tpb tpa xml<BR>&nbsp; -t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.trr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Full precision trajectory: trr trj<BR>&nbsp; -e&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ener.edr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic energy: edr ene</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#0000ff>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option&nbsp;&nbsp; Type&nbsp; Value&nbsp; Description<BR>------------------------------------------------------<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]h&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print help info and quit<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]X&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Use dialog box GUI to edit command line options<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Set the nicelevel<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]v&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Be loud and noisy<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -time&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Take frame at or first after this time.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -np&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; Generate statusfile for # nodes<BR>-[no]shuffle&nbsp;&nbsp;
 bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Shuffle molecules over nodes<BR>&nbsp;&nbsp; -[no]sort&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Sort molecules according to X coordinate<BR>-[no]rmvsbds&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Remove constant bonded interactions with virtual<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sites<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -load string&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Releative load capacity of each node on a<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; parallel machine. Be sure to use quotes
 around<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; the string, which should contain a number for<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; each node<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; -maxwarn&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; Number of warnings after which input processing<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; stops<BR>-[no]check14&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Remove 1-4 interactions without Van der Waals<BR>&nbsp; -[no]renum&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Renumber atomtypes and minimize number
 of<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atomtypes</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#000000>creating statusfile for 8 nodes...</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#0000ff><FONT color=#000000>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.2#<BR>checking input for internal consistency...<BR></FONT>calling <STRONG>cpp</STRONG>...<BR>In file included from <STRONG>ffgmx-local.itp</STRONG>:9,<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from <STRONG>topoldppc.top</STRONG>:3:<BR><STRONG>ffgmxbon-local.itp:</STRONG>125:22: error<STRONG>: <FONT color=#40007f>ff_dum.itp</FONT>: No such file or directory<BR></STRONG>cpp exit code: 256<BR>Tried to execute: 'cpp&nbsp; -I/apps/gromacs/3.3/share/top&nbsp; topoldppc.top &gt; gromppAjujan'<BR>The 'cpp' command is defined in the .mdp file<BR>processing topology...<BR><STRONG>ERROR 1 [file "ffgmxbon-local.itp", line 129]:<BR>&nbsp; Not enough parameters<BR></STRONG>ERROR 2 [file "ffgmxbon-local.itp", line 130]:<BR>&nbsp; Not enough parameters<BR>ERROR 3 [file "ffgmxbon-local.itp", line 131]:<BR>&nbsp; Not
 enough parameters<BR>ERROR 4 [file "ffgmxbon-local.itp", line 132]:<BR>&nbsp; Not enough parameters<BR>ERROR 5 [file "ffgmxbon-local.itp", line 133]:<BR>&nbsp; Not enough parameters<BR>ERROR 6 [file "ffgmxbon-local.itp", line 134]:<BR>&nbsp; Not enough parameters<BR>ERROR 7 [file "ffgmxbon-local.itp", line 136]:<BR>&nbsp; Not enough parameters<BR>ERROR 8 [file "ffgmxbon-local.itp", line 137]:<BR>&nbsp; Not enough parameters<BR>ERROR 9 [file "ffgmxbon-local.itp", line 138]:<BR>&nbsp; Not enough parameters<BR>ERROR 10 [file "ffgmxbon-local.itp", line 139]:<BR>&nbsp; Not enough parameters<BR>Cleaning up temporary file gromppAjujan<BR>-------------------------------------------------------<BR>Program grompp_mpi, VERSION 3.3<BR>Source code file: fatal.c, line: 416</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#0000ff>Fatal error:<BR>Too many warnings, grompp_mpi terminated<BR>-------------------------------------------------------</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#0000ff>Thanx for Using GROMACS - Have a Nice Day<BR></FONT></DIV>
<DIV>....................................................................</DIV>
<DIV>-------------------------------------------------------------------</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>[ constrainttypes ]<BR>; now the constraints for the rigid NH3 groups<BR>&nbsp;MNH3&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_MNC1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <FONT color=#7f003f>line :129<BR></FONT>&nbsp;MNH3&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_MNC1<BR>&nbsp;MNH3&nbsp; CHE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_MNC1<BR>&nbsp;MNH3&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_MNC2<BR>&nbsp;MNH3&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_MNC2<BR>&nbsp;MNH3 MNH3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_MNMN<BR>; and the angle-constraints for OH and SH groups in proteins:<BR>&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp; HS&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_CS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <FONT color=#7f007f>line 136<BR></FONT>&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 2&nbsp;&nbsp; DC_CO<BR>&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_CO<BR>&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_CO<BR>&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_CO<BR>&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_PO<BR></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><BR>&nbsp;</DIV></td></tr></table><br>