<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    On 8/01/2011 8:44 PM, delara aghaie wrote:

    <blockquote cite="mid:607301.65978.qm@web130104.mail.mud.yahoo.com"

      type="cite">

      <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">

        <tbody>

          <tr>

            <td style="font: inherit;" valign="top">

              <div><br>

                Dear Justin</div>

              <div>I want to run a simulation on a system containing

                DPPC and water(TIP4P-2005).</div>

              <div>I have in my .top file some included .itp files.</div>

              <div>they are:</div>

              <div>lipid.itp</div>

              <div>dppc.itp</div>

              <div>tip4p-2005.itp</div>

              <div>&nbsp;</div>

              <div>ffgmx-local.itp <strong>(this is the name which we

                  have selected for the modified version of ffgmx.itp)</strong></div>

              <div><strong>in which they are two included files:</strong>

                ffgmxbon-local.itp <strong>&amp;</strong>

                ffgmxnb-local.itp</div>

              <div><strong></strong>&nbsp;</div>

              <div>I have simulated this system at 310 K without error

                before. Now I only changed the temp to <strong>270 K</strong>

                in the run.mdp file, now using the grompp command I get

                this error:(I<strong> sent you the command line and the

                  error, below</strong>) I do not now what is <strong>ffdum.itp</strong>

                (you can see error line below)</div>

              <div>you can see below also the part of <strong>ffgmx-local.itp</strong>

                which the error is about that part.</div>

              <div>&nbsp;</div>

              <div>please let me know how to fix the error.</div>

              <div>&nbsp;</div>

              <div>thanks for your time</div>

              <div>--------------------------------------------------------------------</div>

              <div><br>

                -<font color="#0000ff">bash-3.2$ <strong><font

                      color="#4a234a">grompp_mpi -c confout-310-500.gro

                      -f run.mdp -n index.ndx -p topoldppc.top -o

                      topol.tpr -np 8<br>

                    </font></strong>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp;

                  O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:</font></div>

              <div><font color="#0000ff">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Groningen

                  Machine for Chemical Simulation</font></div>

              <div><font color="#0000ff">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

                  :-)&nbsp; VERSION <strong>3.3</strong>&nbsp; (-:</font></div>

            </td>

          </tr>

        </tbody>

      </table>

    </blockquote>

    <br>

    That's prehistoric. I hope you have a sufficient reason to need to

    use a version of GROMACS that predates your water model...<br>

    <br>

    <blockquote cite="mid:607301.65978.qm@web130104.mail.mud.yahoo.com"

      type="cite">

      <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">

        <tbody>

          <tr>

            <td style="font: inherit;" valign="top">

              <div><br>

                <font color="#0000ff">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der

                  Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of

                  Groningen, The Netherlands.<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS

                  development team,<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out </font><a

                  moz-do-not-send="true" href="http://www.gromacs.org"><font

                    color="#0000ff">http://www.gromacs.org</font></a><font

                  color="#0000ff"> for more information.</font></div>

              <div><font color="#0000ff">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free

                  software; you can redistribute it and/or<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General

                  Public License<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation;

                  either version 2<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any

                  later version.</font></div>

              <div><font color="#0000ff">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

                  :-)&nbsp; grompp_mpi&nbsp; (-:</font></div>

              <div><font color="#0000ff">Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp;

                  Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br>

------------------------------------------------------------<br>

                  &nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; run.mdp&nbsp; Input, Opt!&nbsp; grompp input file

                  with MD parameters<br>

                  &nbsp;-po&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mdout.mdp&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; grompp input file

                  with MD parameters<br>

                  &nbsp; -c confout-310-500.gro&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic

                  structure: gro g96 pdb tpr tpb<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tpa xml<br>

                  &nbsp; -r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic structure:

                  gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xml<br>

                  &nbsp;-rb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic structure:

                  gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xml<br>

                  &nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; index.ndx&nbsp; Input, Opt!&nbsp; Index file<br>

                  -deshuf&nbsp; deshuf.ndx&nbsp; Output, Opt. Index file<br>

                  &nbsp; -p&nbsp; topoldppc.top&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Topology file<br>

                  &nbsp;-pp&nbsp; processed.top&nbsp; Output, Opt. Topology file<br>

                  &nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; topol.tpr&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic run input:

                  tpr tpb tpa xml<br>

                  &nbsp; -t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.trr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Full precision

                  trajectory: trr trj<br>

                  &nbsp; -e&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ener.edr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic energy: edr

                  ene</font></div>

              <div><font color="#0000ff">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option&nbsp;&nbsp; Type&nbsp; Value&nbsp;

                  Description<br>

                  ------------------------------------------------------<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]h&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print help info and quit<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]X&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Use dialog box GUI to edit

                  command line options<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Set the nicelevel<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]v&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Be loud and noisy<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -time&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Take frame at or first

                  after this time.<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -np&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; Generate statusfile for #

                  nodes<br>

                  -[no]shuffle&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Shuffle molecules over

                  nodes<br>

                  &nbsp;&nbsp; -[no]sort&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Sort molecules according

                  to X coordinate<br>

                  -[no]rmvsbds&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Remove constant bonded

                  interactions with virtual<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sites<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -load string&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Releative load capacity of

                  each node on a<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; parallel machine. Be sure

                  to use quotes around<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; the string, which should

                  contain a number for<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; each node<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp; -maxwarn&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; Number of warnings after

                  which input processing<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; stops<br>

                  -[no]check14&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Remove 1-4 interactions

                  without Van der Waals<br>

                  &nbsp; -[no]renum&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Renumber atomtypes and

                  minimize number of<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atomtypes</font></div>

              <div><font color="#000000">creating statusfile for 8

                  nodes...</font></div>

              <div><font color="#0000ff"><font color="#000000">Back Off!

                    I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.2#<br>

                    checking input for internal consistency...<br>

                  </font>calling <strong>cpp</strong>...<br>

                  In file included from <strong>ffgmx-local.itp</strong>:9,<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from <strong>topoldppc.top</strong>:3:<br>

                  <strong>ffgmxbon-local.itp:</strong>125:22: error<strong>:

                    <font color="#40007f">ff_dum.itp</font>: No such

                    file or directory<br>

                  </strong></font></div>

            </td>

          </tr>

        </tbody>

      </table>

    </blockquote>

    <br>

    What's going on here?<br>

    <br>

    <blockquote cite="mid:607301.65978.qm@web130104.mail.mud.yahoo.com"

      type="cite">

      <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">

        <tbody>

          <tr>

            <td style="font: inherit;" valign="top">

              <div><font color="#0000ff">cpp exit code: 256<br>

                  Tried to execute: 'cpp&nbsp; -I/apps/gromacs/3.3/share/top&nbsp;

                  topoldppc.top &gt; gromppAjujan'<br>

                  The 'cpp' command is defined in the .mdp file<br>

                  processing topology...<br>

                  <strong>ERROR 1 [file "ffgmxbon-local.itp", line 129]:<br>

                    &nbsp; Not enough parameters<br>

                  </strong>ERROR 2 [file "ffgmxbon-local.itp", line

                  130]:<br>

                  &nbsp; Not enough parameters<br>

                  ERROR 3 [file "ffgmxbon-local.itp", line 131]:<br>

                  &nbsp; Not enough parameters<br>

                  ERROR 4 [file "ffgmxbon-local.itp", line 132]:<br>

                  &nbsp; Not enough parameters<br>

                  ERROR 5 [file "ffgmxbon-local.itp", line 133]:<br>

                  &nbsp; Not enough parameters<br>

                  ERROR 6 [file "ffgmxbon-local.itp", line 134]:<br>

                  &nbsp; Not enough parameters<br>

                  ERROR 7 [file "ffgmxbon-local.itp", line 136]:<br>

                  &nbsp; Not enough parameters<br>

                  ERROR 8 [file "ffgmxbon-local.itp", line 137]:<br>

                  &nbsp; Not enough parameters<br>

                  ERROR 9 [file "ffgmxbon-local.itp", line 138]:<br>

                  &nbsp; Not enough parameters<br>

                  ERROR 10 [file "ffgmxbon-local.itp", line 139]:<br>

                  &nbsp; Not enough parameters<br>

                  Cleaning up temporary file gromppAjujan<br>

-------------------------------------------------------<br>

                  Program grompp_mpi, VERSION 3.3<br>

                  Source code file: fatal.c, line: 416</font></div>

              <div><font color="#0000ff">Fatal error:<br>

                  Too many warnings, grompp_mpi terminated<br>

-------------------------------------------------------</font></div>

              <div><font color="#0000ff">Thanx for Using GROMACS - Have

                  a Nice Day<br>

                </font></div>

              <div>....................................................................</div>

              <div>-------------------------------------------------------------------</div>

              <div>&nbsp;</div>

              <div>[ constrainttypes ]<br>

                ; now the constraints for the rigid NH3 groups<br>

                &nbsp;MNH3&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_MNC1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <font

                  color="#7f003f">line :129<br>

                </font></div>

            </td>

          </tr>

        </tbody>

      </table>

    </blockquote>

    <br>

    Somewhere there should be a #define DC_MNC1 &lt;blahblahblah&gt;

    that's probably not being found. Where is it?<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote cite="mid:607301.65978.qm@web130104.mail.mud.yahoo.com"

      type="cite">

      <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">

        <tbody>

          <tr>

            <td style="font: inherit;" valign="top">

              <div>&nbsp;MNH3&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_MNC1<br>

                &nbsp;MNH3&nbsp; CHE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_MNC1<br>

                &nbsp;MNH3&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_MNC2<br>

                &nbsp;MNH3&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_MNC2<br>

                &nbsp;MNH3 MNH3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_MNMN<br>

                ; and the angle-constraints for OH and SH groups in

                proteins:<br>

                &nbsp; CH2&nbsp;&nbsp; HS&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_CS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <font

                  color="#7f007f">line 136<br>

                </font>&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_CO<br>

                &nbsp; CH1&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_CO<br>

                &nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_CO<br>

                &nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_CO<br>

                &nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; DC_PO<br>

              </div>

              <div>&nbsp;</div>

              <div>&nbsp;</div>

              <div><br>

                &nbsp;</div>

            </td>

          </tr>

        </tbody>

      </table>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>