<div>Dear friends,</div>
<div>My run commands are below. It works without any error.</div>
<div>However if I add -water tip3p at the end of pdg2gmx ... line it causes an error (Atomtpe HW not found) at grompp time.</div>
<div> </div>
<div>Could anyone explain the difference?</div>
<div> </div>
<div>trevor</div>
<div> </div>
<div>pdb2gmx -ignh -f XXX.pdb -o fws.gro -p fws.top </div>
<div>editconf -f fws.gro -bt dodecahedron -d 1.0 </div>
<div>editconf -f out.gro -o fws_ctr.gro -center 1.7 1.7 1.2</div>
<div>genbox -cp fws_ctr.gro -cs spc216.gro -o fws_b4em.gro -p fws.top</div>
<div> </div>
<div> </div>