<br /><br /><span>On 01/10/11, <b class="name">ahmet yıldırım </b> <ahmedo047@gmail.com> wrote:</span><blockquote cite="mid:AANLkTimXM2ghtgN1ULj_ALXBidV2aE4tZVmKWO0smipW@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html">Dear Justin and Mark,<br /><br />I want to investigate the structure xxx.pdb. When I run "the run.mdp" the gromac shows that will end in 25 days. <span class="short_text" id="result_box" lang="en"><span class="hps" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">What</span> <span class="hps" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">kind of</span> <span class="hps" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">changes</span> <span class="hps" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">do</span> <span class="hps" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">you</span> <span class="hps" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">recommend</span> <span class="hps" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">in "the run</span>.mdp <span class="hps" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">file"</span></span> <span class="short_text" id="result_box" lang="en"><span class="hps" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">to reduce/short the</span> <span class="hps" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">calculation</span> <span class="hps" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">time? Or, </span></span><span class="short_text" id="result_box" lang="en"><span class="hps" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">Is there</span> <span class="hps" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">any</span> <span class="hps" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">error</span>/missing <span class="hps" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">in the file</span><span class="" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">? </span></span>My run.mdp inputsc-ript is the following.<br />
<br />PC hardware:İntel Core I7 (four core), 6GB RAM<br /><br />Thanks in advance<br /><br />"The run.mdp"<br />title = MD<br />cpp = /usr/bin/cpp<br />constraints = all-bonds<br />integrator = md<br />
dt = 0.002 ; ps !<br />nsteps = 10000000 ; total 20000 ps = 20 ns.<br />nstcomm = 1<br />nstxout = 100000 ; collect data every 200 ps<br />nstvout = 100000<br />nstfout = 0<br />
nstlog = 1000<br />nstenergy = 1000<br />nstlist = 10<br />ns_type = grid<br />rlist = 1.0<br />coulombtype = PME<br />rcoulomb = 1.0<br />vdw-type = cut-off<br />rvdw = 1.4</div></blockquote><br />That's an excessively large value for rvdw. You should be trying to aim at .mdp parameter values that match those with which the force field was parameterized (or has since been shown to work well with).<br /><br /><blockquote cite="mid:AANLkTimXM2ghtgN1ULj_ALXBidV2aE4tZVmKWO0smipW@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html"><br />
fourierspacing = 0.12<br />pme_order = 4<br />ewald_rtol = 1e-5<br />optimize_fft = yes<br />; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br />Tcoupl = berendsen<br />tc-grps = Protein non-protein<br />
tau_t = 0.1 0.1 <br />ref_t = 300 300 <br />; Energy monitoring<br />energygrps = Protein non-protein<br />; Pressure coupling <br />Pcoupl = berendsen<br />tau_p = 1.0<br />compressibility = 5e-5 5e-5 5e-5 0 0 0<br />
ref_p = 1.0<br /></div></blockquote><br />It's a fact of life that atomistic MD with explicit solvent is a computationally expensive business. If 25 days is too many, you need to consider using a smaller system, getting (access to) better hardware, using a coarse-grained model, or using implicit solvation.<br /><br />Mark