<DIV>sorry to say I can not found a center for the trj.&nbsp; I tried to make bigger box by trjconv -box -boxcenter, but it seems that the trj only exist in the old box area ,bigger box cannot stop jumps.</DIV>
<DIV>Is it really happened that I can do nothing with it ? </DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; yuanyuan wang</DIV>
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<DIV>Message: 1<BR>Date: Fri, 7 Jan 2011 02:56:08 -0800<BR>From: Amit Choubey &lt;kgp.amit@gmail.com&gt;<BR>Subject: Re: [gmx-users] trjconv with multiple chains<BR>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>Message-ID:<BR>        &lt;AANLkTi=2=NfWA_budToyKiXZT5rdXRGNk7RHzXvN7bc=@mail.gmail.com&gt;<BR>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<BR><BR>Make your box bigger?<BR><BR>2011/1/6 yuanyuan wang &lt;yilin3201@126.com&gt;<BR><BR>&gt; dear all,<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am doing a simulation that have many chains in a box , and I can<BR>&gt; find a center for them after serval tries.<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I use almost every option of trjconv,-pbc<BR>&gt; mol,atom,res,whole,nojump , -ur compact, -center , -box to got bigger box,<BR>&gt; and -boxcenter, -fit ..<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; still some chain cannot convert into box. them jump
  from one box<BR>&gt; to another ,<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; is there any ways that they not jump to another box?<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; thanks a lot.<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; yuanyuan<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; --<BR>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; Please search the archive at<BR>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<BR></DIV><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>