Dear Justin and Mark,<br><br>I want to investigate the structure xxx.pdb. When I run "the run.mdp" the gromac shows that will end in 25 days. <span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">What</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">kind of</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">changes</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">do</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">you</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">recommend</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">in "the run</span>.mdp <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">file"</span></span> <span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">to reduce/short the</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">calculation</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">time? Or, </span></span><span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">Is there</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">any</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">error</span>/missing <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">in the file</span><span class="" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">? </span></span>My run.mdp input script is the following.<br>
<br>PC hardware:İntel Core I7 (four core), 6GB RAM<br><br>Thanks in advance<br><br>"The run.mdp"<br>title = MD<br>cpp = /usr/bin/cpp<br>constraints = all-bonds<br>integrator = md<br>
dt = 0.002 ; ps !<br>nsteps = 10000000 ; total 20000 ps = 20 ns.<br>nstcomm = 1<br>nstxout = 100000 ; collect data every 200 ps<br>nstvout = 100000<br>nstfout = 0<br>
nstlog = 1000<br>nstenergy = 1000<br>nstlist = 10<br>ns_type = grid<br>rlist = 1.0<br>coulombtype = PME<br>rcoulomb = 1.0<br>vdw-type = cut-off<br>rvdw = 1.4<br>
fourierspacing = 0.12<br>pme_order = 4<br>ewald_rtol = 1e-5<br>optimize_fft = yes<br>; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>Tcoupl = berendsen<br>tc-grps = Protein non-protein<br>
tau_t = 0.1 0.1 <br>ref_t = 300 300 <br>; Energy monitoring<br>energygrps = Protein non-protein<br>; Pressure coupling <br>Pcoupl = berendsen<br>tau_p = 1.0<br>compressibility = 5e-5 5e-5 5e-5 0 0 0<br>
ref_p = 1.0<br><br clear="all"><br>-- <br>Ahmet YILDIRIM<br>