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<br><br>&gt; Date: Mon, 10 Jan 2011 14:04:34 +0100<br>&gt; From: spoel@xray.bmc.uu.se<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] truncated LJ potential<br>&gt; <br>&gt; On 2011-01-10 13.39, Makoto Yoneya wrote:<br>&gt; &gt; Dear GROMACS experts:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I'd like to use a modified Lennard-Jones potential (smoothly truncated at<br>&gt; &gt; only the repulsive part) in the following.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; V(r)<br>&gt; &gt;    = 4*epsilon*{ (sigma/r)^(12) - (sigma/r)^6 - (1/4) } for r&lt;=<br>&gt; &gt; 2^(1/6)*sigma<br>&gt; &gt;    = 0 for r&gt;  2^(1/6)*sigma<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Which routine should I change to realize this LJ potential modification<br>&gt; &gt; without any side effects.<br>&gt; &gt; I'd like to use this in some coarse-grained simulations.<br>&gt; &gt; Sorry if this is a FAQ.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Thank you for advance.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Makoto Yoneya, Dr.<br>&gt; &gt; AIST, Tsukuba<br>&gt; &gt; JAPAN<br>&gt; &gt; http://staff.aist.go.jp/makoto-yoneya/<br>&gt; &gt;<br>&gt; Dear Makoto,<br>&gt; <br>&gt; please look into gromacs' table potential functionality, it is described <br>&gt; in the manual, and you won't have to program anything<br>&gt; UNLESS the sigma is different for different atom pairs, in that case I'm <br>&gt; not sure if it will work.<br><br><br>You can make different tables for interactions between groups of atoms with<br>different sigma's by putting these groups in different energy groups,<br>but this might get tedious.<br>You can also set the environment variable nb_generic.c and modify<br>src/gmxlib/nonbonded/nb_generic.c, but might lead to somewhat<br>slower simulations.<br><br>Berk<br><br>                                               </body>
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