<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 TRANSITIONAL//EN">
<HTML>
<HEAD>
  <META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; CHARSET=UTF-8">
  <META NAME="GENERATOR" CONTENT="GtkHTML/3.24.1.1">
</HEAD>
<BODY>
Hi Marcelo<BR>
It is always good to see what happens to a known molecule before working with your target with a new methodology. I took a closer look to your pdb. You do have different hexane conformations. Anyway it is hard to believe that your initial box was full of hexane... could you check again your initial pdb file? could you paste the head of the initial pdb file to see the box dimensions? The final pdb file is a cubic box of 4.72 nm each edge. I do knot know what are you looking for with your system but why don't you run a longer MD simulation at 298 K at constant pressure to get the right density of the system? you should get a variety of different reliable conformations with different probability that you could group in clusters if you are interested in that.<BR>
<BR>
Cheers, <BR>
<BR>
&#193;ngel.<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
On Tue, 2011-01-11 at 17:44 +0000, Marcelo Silva wrote:<BR>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    Hello Ang&#233;l,<BR>
    <BR>
    I started with hexane just to know what would happen and then I would apply the same procedure to perfluorohexane.<BR>
    I used a NPT box with 500 hexane molecules using packmol. The system was initially homogeneous.<BR>
    <BR>
    Then I ran energy minimization with steepest descent (em.mdp) and the simmulated annealing afterwards with no constraints (sa.mdp). It's the first time I am using SA as I think this would be a good way of having a good starting box. I used the OPLS-AA force field.<BR>
    <BR>
    The mdp's are in the attachment. <BR>
    
<HR>

<PRE>
-- 
gmx-users mailing list    <A HREF="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A>
<A HREF="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A>
Please search the archive at <A HREF="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</A> before posting!
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to <A HREF="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.
Can't post? Read <A HREF="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</A>
</PRE>
</BLOCKQUOTE>
</BODY>
</HTML>