
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 TRANSITIONAL//EN">

<HTML>

<HEAD>

  <META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; CHARSET=UTF-8">

  <META NAME="GENERATOR" CONTENT="GtkHTML/3.28.1">

</HEAD>

<BODY>

<BR>

Dear all,<BR>

<BR>

I am just a newbie to Gromacs so sorry for being naive with my questions...<BR>

<BR>

I would like to yield electron density profiles out of different trajectories of membranes simulated with NAMD and last CHARMM forcefield (all_36_lipid_cholesterol). I first tried to use pdb2gmx in order to generate a GROMACS topology file that I could use for generating the .tpr file needed for g_density. Well, I did not manage but is this the proper way though?<BR>

Also, so far all my trajectories are .dcd files; does the g_density function needs a .pdb file per frame? Otherwise, is it possible to directly convert .dcd files into the gromacs .xtc ones?<BR>

<BR>

On another note, would anyone know where could I get proper topology and parameter files of sphingomyelin?<BR>

<BR>

Many thanks in advance!<BR>

<BR>

Ramon<BR>

<BR>

</BODY>

</HTML>