<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 TRANSITIONAL//EN">

<HTML>

<HEAD>

  <META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; CHARSET=UTF-8">

  <META NAME="GENERATOR" CONTENT="GtkHTML/3.28.3">

</HEAD>

<BODY>

Hi Marcelo<BR>

your molecules are not in a box, the head of the pdb you sent to me is:<BR>

<BR>

HEADER <BR>

TITLE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Built with Packmol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>

REMARK&nbsp;&nbsp; Packmol generated pdb file <BR>

REMARK&nbsp;&nbsp; Home-Page: <A HREF="http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol">http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol</A><BR>

REMARK<BR>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; C1&nbsp; HEX A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.953&nbsp; 31.169&nbsp;&nbsp; 8.840&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C+0<BR>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; C2&nbsp; HEX A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.510&nbsp; 32.451&nbsp;&nbsp; 9.461&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C+0<BR>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; C3&nbsp; HEX A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.321&nbsp; 33.614&nbsp;&nbsp; 8.486&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C+0<BR>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; C4&nbsp; HEX A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.878&nbsp; 34.896&nbsp;&nbsp; 9.108&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C+0<BR>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; C5&nbsp; HEX A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.689&nbsp; 36.059&nbsp;&nbsp; 8.133&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C+0<BR>

<BR>

<BR>

there are no walls there.<BR>

<BR>

Cheers,<BR>

<BR>

&#193;ngel.<BR>

<BR>

<BR>

<BR>

On Tue, 2011-01-11 at 20:31 +0000, Marcelo Silva wrote:

<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>

<PRE>

Ang&#233;l,

I'm sending you my initial pdb in attachment. I chose the box size to 

fit the experimental density.

I am just trying to get simple properties of the pure compounds hexane 

and perfluorohexane and of a mixture 0.5 hexane/perfluorohexane (density 

mainly). But maybe I just need a long molecular dynamics equilibation 

step rather than simulated annealing to get a good starting configuration.

Perhaps what went &quot;wrong&quot; is that the system was at temperatures much 

higher than hexane boiling point and it started to form clusters.

Best regards,

Marcelo

</PRE>

</BLOCKQUOTE>

<BR>

</BODY>

</HTML>