<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    On 12/01/2011 2:29 AM, Zoe Hall wrote:
    <blockquote
cite="mid:C1F6430AA5E06845A7E4CCB00CBCEDF64C337DAFB6@EXMBX05.ad.oak.ox.ac.uk"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered
        medium)">
      <style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
span.EmailStyle18
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page Section1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
      <div class="Section1">
        <p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Hi gmx-users,<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">I am trying to set up a simulation of a
          large protein <i>in
            vacuo</i> using the OPLS-AA forcefield, with conditions
          based on Patriksson et.
          al (Biochemistry 2007, 46 p933). &nbsp;Basically after energy
          minimisation, the
          protein is run for 10ps in vacuum with constant temperature at
          300K. This is
          followed by the full production run of 10ns with temperature
          and pressure
          coupling turned off, H bonds are constrained using SHAKE with
          tolerance 0.001.
          For vacuum conditions, the periodic boundary conditions are
          turned off, and no
          cut-offs are used whatsoever. <o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">I am not sure, however, what is the
          appropriate choice for
          &#8220;coulombtype&#8221; and other electrostatic parameters for vacuum
          simulations. I have
          set &#8220;epsilon_r&#8221; to 2, as this seems to be an accepted value
          for proteins but if
          anyone has comments on this, I would appreciate it.<o:p></o:p></p>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    vdwtype = cut-off<br>
    coulombtype = cut-off<br>
    <br>
    and all the distance cut-offs to zero (which is treated as an
    infinite cut-off)<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>