<pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Dear Gromacs users,<br><br>    I am new to gromacs. I want to simulate a system<br>(protein) with a dodecahedron box in order to minimize<br>the time.<br><br>rlist = rcolumb = 1.2nm;              (PME)<br>
rvdw = 1.1nm; rvdw_switch = 0   (using vdwtype = switch)<br><br>so while setting the simulation box, should i give the<br>value of -d as &gt;=1.2nm?<br><br>Does this same rule apply to a cubic box also? ie., <br>irrespective of the box I use whether dodecahedron, cubic or <br>
octahedron, according to the cutoff (max (rlist, rvdw, rcoloumb))<br>I have to use -d as 1.2nm, or higher?<br><br>Kindly anyone clarify my doubts <br><br>Thanks in advance. <br></pre>