Hi Mark, Justin,<br>    Thanks for your help. <br>The details are helpful to improve my MD simulation. Also i need update my gromacs version from 4.5.1 to 4.5.3.<br><br>Thanks again,<br>Rama<br><br><div class="gmail_quote">
On Thu, Jan 13, 2011 at 3:47 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
Ramachandran G wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im">
thanks for your reply.<br>
Still i have the same problem.<br>
My aim is to extend my simulation from 6ns to 7ns.<br>
<br>
First i prepared the tpr as<br>
<br>
grompp_mpi -f nve.mdp -c nve6-g.tpr -o nve7-g.tpr -n crom.ndx<br>
<br>
where &#39;nve6-g.tpr&#39; is my old &#39;tpr&#39; . In the &#39;nve.mdp&#39;  file i have changed the option of storing the &#39;nstxout&#39; from 1 to 100.<br>
That is the only change i have done.<br>
<br>
For simulation i do,<br>
<br>
mpirun  -nolocal -np 8 -machinefile machine mdrun_mpi -nice 0 -v -s nve7-g.tpr -o nve-g.trr -c nve-g.gro -e nve-g.edr  -cpi nve6-g.cpt -g md-g.log -append -cpo nve7-g.cpt  -pd<br>
<br>
 From the gromacs website, <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Extending_Simulations" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Extending_Simulations</a><br>
i understood that i need to use the option of &#39;tpbconv&#39; also to extend the simulation. It says that<br></div>
&#39;If your |old.cpt| is for a run that has finished, then use |tpbconv -extend |after grompp &lt;<a href="http://www.gromacs.org/grompp" target="_blank">http://www.gromacs.org/grompp</a>&gt; and before mdrun &lt;<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/mdrun" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/mdrun</a>&gt;.&#39;<br>

<br>
<br>
</blockquote>
<br>
The easiest thing for you to do is to simply extend your run with tpbconv and ignore grompp.  If you just need to reduce output volume, post-process the trajectory with trjconv.  Otherwise, you have 6 ns of coordinates at every step, then 1 ns of coordinates every 100 steps.  The frame interval mismatch will likely cause numerous Gromacs tools to fail, anyway.<div class="im">
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
My &#39;mdp&#39; options are:<br>
<br>
title               = production-dynamics<br>
;warnings           = 10<br>
cpp                 = /lib/cpp<br>
;DEFINE             = -DPOSRES<br>
DEFINE             = -DFLEXIBLE<br>
</blockquote>
<br></div>
Flexible water should not be used for MD.<br>
<br>
<a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2008-October/037571.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2008-October/037571.html</a><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
constraints         = none<br>
;constraint_algorithm = shake<br>
integrator         = md<br>
dt                 = 0.0005  ;<br>
nsteps             = 2000000  ;<br>
;nstcomm           = 1     ; reset c.o.m motion<br>
nstlist            = 10<br>
ns_type            = grid<br>
nstenergy          = 1  ; print energies<br>
nstlog             = 1  ; print to logfile<br>
nstvout            = 0   ; write velocities<br>
nstxout            = 100  ; collect data in fs (write coords)<br>
;nstxtcout         = 0   ; to print corrdinates to xtc trajectory<br>
energygrps         = Protein CROM HOH1 HOH2 SOL<br>
nstfout            = 0<br>
coulombtype        = shift<br>
fourierspacing     = 0.12<br>
pme_order          = 4<br>
vdwtype            = switch<br>
rvdw               = 1.0<br>
rvdw_switch        = 0.9<br>
rlist              = 1.2<br>
rcoulomb           = 1.0<br>
rcoulomb-switch    = 0.9<br>
pbc                = xyz<br>
;dispcorr           = Ener<br>
continuation      = yes<br>
;Berendsen temperature coupling is on<br>
Tcoupl         = no   ; temperature bath (yes, no)<br>
;tau_t           = 0.1<br>
;tc-grps         = system<br>
;ref_t           = 300<br>
;Berendsen Pressure coupling is on<br>
pcoupl          = no         ; pressure bath (yes, no)<br>
;pcoupltype      = isotropic<br>
;tau_p           = 0.5<br>
;compressibility = 4.5e-05<br>
;ref_p           = 1.0<br>
;Generate velocities  is on at 300<br>
gen_vel         = no       ; generate initial velocities<br>
;gen_temp        = 300.0     ; initial temperature<br>
;gen_seed        = 173529    ; random seeD<br>
<br>
</blockquote>
<br></div></div>
You haven&#39;t set the tinit parameter in this file.  In conjunction with the fact that this .mdp file is for 1 ns, it will start at time zero and run to 1 ns.  If you&#39;re trying to pick up from the end of a 6-ns simulation, you have two options:<br>

<br>
1. Set tinit=6000 and leave nsteps and dt alone.  Pass the .cpt file to the -t flag of grompp and run it as if it were a new simulation, then concatenate the output.<br>
<br>
2. Set tinit=0 and set nsteps=350000 to generate a complete 7-ns .tpr file. Pass this to mdrun in conjunction with your .cpt file from the end of your 6-ns run.<br>
<br>
3. Use tpbconv and ignore grompp entirely, then post-process appropriately.<br>
<br>
<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Extending_Simulations#Version_4" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Extending_Simulations#Version_4</a><br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im">
<br>
Please help.<br>
thank you,<br>
Rama<br>
<br>
<br>
<br></div><div><div></div><div class="h5">
On Wed, Jan 12, 2011 at 3:06 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
<br>
    Ramachandran G wrote:<br>
<br>
        Hi gmx-users,<br>
           I tried extending one of simulation with modified mdp option.<br>
        First i used the command,<br>
<br>
            grompp -f new.mdp -c old.tpr -o new.tpr<br>
<br>
        then i used the command to extend<br>
<br>
            tpbconv -s new.tpr -extend timetoextendby -o next.tpr<br>
<br>
<br>
        Then,<br>
<br>
            mdrun -s next.tpr -cpi previous.cpt<br>
<br>
<br>
        I surprised to see the following simulation output,<br>
        WARNING: This run will generate roughly 2059394074917430016 Mb<br>
        of data<br>
<br>
        starting mdrun &#39;GROningen MAchine for Chemical Simulation in water&#39;<br>
<br>
        2000000 steps, infinite ps (continuing from step 12000000,          6000.0 ps).<br>
        step 12000000 performance: 0.3 ns/day    step 12000100<br>
        performance: 0.8 ns/day    step 12000200 performance: 0.8 ns/day<br>
           step 12000300 performance: 0.8 ns/day            step 12000400 performance: 0.8 ns/day    step 12000500<br>
        performance: 0.8 ns/day    step 12000600 performance: 0.8 ns/day<br>
           step 12000700 performance: 0.8 ns/day    step 12000800<br>
        performance: 0.8 ns/day            step 12000900 performance: 0.8 ns/day    step 12001000<br>
        performance: 0.8 ns/day    step 12001100 performance: 0.8 ns/day<br>
           --------------------------------------------------<br>
        Is this correct? Why it needs to generate that much huge Mb of data?<br>
<br>
        I have extended for 1000.0ps but it shows &#39;infinite ps&#39;.<br>
        can anybody help me if there is error made in my procedure?<br>
<br>
<br>
    It seems like you&#39;re trying to extend your run using both grompp and<br>
    tpbconv, which is not correct.  Use one or the other.<br>
<br>
    If you want a real answer to this question, please post real<br>
    commands, not just the generic format of what should be correct.<br>
     Also possibly useful is the contents of the .mdp file you used.<br>
<br>
    -Justin<br>
<br>
        Thank you<br>
        Rama<br>
<br>
         <br>
<br>
<br>
    --     ========================================<br>
<br>
    Justin A. Lemkul<br>
    Ph.D. Candidate<br>
    ICTAS Doctoral Scholar<br>
    MILES-IGERT Trainee<br>
    Department of Biochemistry<br>
    Virginia Tech<br>
    Blacksburg, VA<br></div></div>
    jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<div class="im"><br>
    <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
    ========================================<br>
    --     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at<br>
    <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
    interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br><br>