I checked this one but it did not solve the problem.<br>Actually I did in your way and I found the force is very high on one atom of my ligand,C12.<br>I checked it&#39;s structure with pymol,it &#39;s situation was normal.<br>
can I change it&#39;s coordinate a few?<br>I think it can make force less.<br>please let me know how can i do<br>thanks in advance<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jan 12, 2011 at 3:22 PM, mohsen ramezanpour <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ramezanpour.mohsen@gmail.com">ramezanpour.mohsen@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br><br><br><div class="gmail_quote"><div class="im">On Wed, Jan 12, 2011 at 2:59 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">


  
    
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#ffffff"><div class="im"><div>
    On 12/01/2011 9:37 PM, mohsen ramezanpour wrote:
    <blockquote type="cite">Dear Dr,Tsjerk<br>
      I want to estimate protein-drug binding free energy.<br>
      I am using umbrella sampling for this mean.<br>
      my drug is inside of a hole in protein. then I have to rotate my
      system to can fit the pulling line along one box axis.<br>
      besides I have to pull drug not at direction which connect COM of
      protein and drug,but it is better to pull it along line which
      connects drug to <br>
      a residue inside of hole.<br>
    </blockquote>
    <br></div>
    I would <br>
    <br>
    1) take my starting bound configuration, <br>
    2) strip away anything except the protein complex,<br>
    3) delete the box information,<br>
    4) rotate the complex with editconf until I was happy with its
    orientation,<br>
    5) then generate a suitable box around that orientation,<br>
    6) do EM<br>
    7) solvate and neutralize<br>
    8) do EM<br>
    9) etc.<br><font color="#888888">
    <br>
    Mark</font></div><div><div></div><div>Dear Mark<br></div></div></div></blockquote><div>thanks for your reply<br>I will check this ways too. <br></div><div><div></div><div class="h5"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

<div text="#000000" bgcolor="#ffffff"><div><div>
    <br>
    <blockquote type="cite"><br>
      I rotated box with editconf ,solvated system with
      genbox,neutralized with genion,<br>
      now I want to generate NPT and then generating configuration as
      umbrella sampling tutorial.<br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">On Wed, Jan 12, 2011 at 1:53 PM, Tsjerk
        Wassenaar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com" target="_blank">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi Mohsen,<br>
          <br>
          You&#39;re doing something terribly wrong. But why you want to do
          what you<br>
          attempt eludes me. Maybe it helps if you give an explanation
          of what<br>
          you want, in stead of what doesn&#39;t work. In addition, give the
          set of<br>
          commands that bring you up to this point, and not only the
          output of<br>
          mdrun. That way we can probably see where you go astray.<br>
          <br>
          Cheers,<br>
          <br>
          Tsjerk<br>
          <br>
          <br>
          On Wed, Jan 12, 2011 at 10:55 AM, mohsen ramezanpour<br>
          <div>
            <div>&lt;<a href="mailto:ramezanpour.mohsen@gmail.com" target="_blank">ramezanpour.mohsen@gmail.com</a>&gt;
              wrote:<br>
              &gt;<br>
              &gt; Dear Dr.Tsjerk<br>
              &gt;<br>
              &gt; Before doing md for generating NPT, I did an EM,the
              result was:<br>
              &gt; poteintial energy:-2.2611160*10^(6)<br>
              &gt; Max F=4.8960352*10^(4) on atom 5289<br>
              &gt; Besides I had done EM before on the same system,I
              just add solvent by genbox<br>
              &gt; and Ions by genion.<br>
              &gt; the above result is for Energy minimization after
              adding ions by genion.<br>
              &gt;<br>
              &gt; I did what you said.but when I was generating NPT
              equilibration<br>
              &gt; I recieved this massage:<br>
              &gt;<br>
              &gt;<br>
              &gt; Step 0, time 0 (ps)  LINCS WARNING<br>
              &gt; relative constraint deviation after LINCS:<br>
              &gt; rms 8.387059, max 321.381958 (between atoms 5289 and
              5290)<br>
              &gt; bonds that rotated more than 30 degrees:<br>
              &gt;  atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint
              length<br>
              &gt;    5293   5294   74.4    0.1137  12.9330      0.1090<br>
              &gt;    5291   5293   59.1    0.1422  32.1605      0.1390<br>
              &gt;    5291   5292  103.5    0.1096   9.8747      0.1090<br>
              &gt;    5289   5291   89.5    0.1383  39.2022      0.1390<br>
              &gt;    5289   5290   85.7    0.1410  43.8439      0.1360<br>
              &gt;    5289   5287   85.4    0.1426  44.0196      0.1390<br>
              &gt;    5287   5288   90.2    0.1091   1.5178      0.1090<br>
              &gt;    5285   5287   88.7    0.1391   1.9186      0.1390<br>
              &gt;    5285   5286   41.8    0.1092   0.1322      0.1090<br>
              &gt;    5284   5293   87.2    0.1429  21.7425      0.1390<br>
              &gt;    5284   5285   92.4    0.1393   2.0880      0.1390<br>
              &gt;    5277   5278   79.1    0.1532   0.5213      0.1530<br>
              &gt;    5276   5284   63.0    0.1394   1.8946      0.1390<br>
              &gt;    5276   5277   79.2    0.1534   0.7278      0.1530<br>
              &gt;    5276   5275   79.9    0.1432   0.6036      0.1430<br>
              &gt;    5274   5275   82.0    0.1431   0.3189      0.1430<br>
              &gt;    5276   5272   82.1    0.1393   0.6113      0.1390<br>
              &gt;    5272   5273   74.2    0.1333   0.2251      0.1330<br>
              &gt;    5272   5270   77.7    0.1332   0.2428      0.1330<br>
              &gt;    5270   5271   46.5    0.1091   0.1682      0.1090<br>
              &gt;    5268   5270   36.9    0.1391   0.1854      0.1390<br>
              &gt;    5273   5266   41.4    0.1334   0.1933      0.1330<br>
              &gt; Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>
              &gt; step 0Warning: 1-4 interaction between 5272 and 5293
              at distance 22.443<br>
              &gt; which is larger than the 1-4 table size 2.400 nm<br>
              &gt; These are ignored for the rest of the simulation<br>
              &gt; This usually means your system is exploding,<br>
              &gt; if not, you should increase table-extension in your
              mdp file<br>
              &gt; or with user tables increase the table size<br>
              &gt;<br>
              &gt; Please let me know what can I do.<br>
              &gt; thanks in advance<br>
              &gt;<br>
              &gt;<br>
              &gt;<br>
              &gt;<br>
              &gt;<br>
              &gt;<br>
              &gt;<br>
              &gt;<br>
              &gt;<br>
              &gt;<br>
              &gt;<br>
              &gt;<br>
              &gt;<br>
              &gt; On Thu, Jan 6, 2011 at 11:20 PM, Tsjerk Wassenaar
              &lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com" target="_blank">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;
              wrote:<br>
              &gt;&gt;<br>
              &gt;&gt; Hi Mohsen,<br>
              &gt;&gt;<br>
              &gt;&gt; I think rotating a molecule with editconf will
              not rotate the box. Then<br>
              &gt;&gt; again, if it did, it would result in a box
              violating Gromacs requirements.<br>
              &gt;&gt; Either way, it&#39;s not going to work like that.
              Build a new box after<br>
              &gt;&gt; rotation... And have a good look at what you&#39;re
              actually trying now by<br>
              &gt;&gt; taking the rotated system and stack it a few
              times using genconf -nbox 2 2 2<br>
              &gt;&gt;<br>
              &gt;&gt; Cheers,<br>
              &gt;&gt;<br>
              &gt;&gt; Tsjerk<br>
              &gt;&gt;<br>
              &gt;&gt; On Jan 6, 2011 7:22 PM, &quot;mohsen ramezanpour&quot;<br>
              &gt;&gt; &lt;<a href="mailto:ramezanpour.mohsen@gmail.com" target="_blank">ramezanpour.mohsen@gmail.com</a>&gt;
              wrote:<br>
              &gt;&gt;<br>
              &gt;&gt; Dear Amit<br>
              &gt;&gt; I entered these commands for rotating box:<br>
              &gt;&gt; editconf   -f  conf.gro  -o  output.pdb  
              -rotate  0   0  25.4<br>
              &gt;&gt; and then:<br>
              &gt;&gt; editconf   -f output.pdb  -o  newbox.pdb  
              -rotate   0  127.67548  0<br>
              &gt;&gt; as a result my molecul is located out of box
              totally,of course drug and<br>
              &gt;&gt; protein are bind to eachother yet.<br>
              &gt;&gt; thanks in advance for your attention and reply<br>
              &gt;&gt;<br>
              &gt;&gt; On Tue, Jan 4, 2011 at 1:25 PM, Amit Choubey &lt;<a href="mailto:kgp.amit@gmail.com" target="_blank">kgp.amit@gmail.com</a>&gt;
              wrote: &gt;<br>
              &gt;&gt; &gt; Could you post the e...<br>
              &gt;&gt;<br>
              &gt;&gt; --<br>
              &gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
              &gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
              &gt;&gt; Please search the archive at<br>
              &gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
              before posting!<br>
              &gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the
              list. Use the<br>
              &gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
              &gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
              &gt;&gt;<br>
              &gt;&gt; --<br>
              &gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
              &gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
              &gt;&gt; Please search the archive at<br>
              &gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
              before posting!<br>
              &gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the
              list. Use the<br>
              &gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
              &gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
              &gt;<br>
              &gt;<br>
              &gt; --<br>
              &gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
              &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
              &gt; Please search the archive at<br>
              &gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
              before posting!<br>
              &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list.
              Use the<br>
              &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
              &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
              &gt;<br>
              <br>
              <br>
              <br>
              --<br>
            </div>
          </div>
          Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
          <br>
          post-doctoral researcher<br>
          Molecular Dynamics Group<br>
          * Groningen Institute for Biomolecular Research and
          Biotechnology<br>
          * Zernike Institute for Advanced Materials<br>
          University of Groningen<br>
          The Netherlands<br>
          <font color="#888888">--<br>
          </font>
          <div>
            <div>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
              <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
              Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
              before posting!<br>
              Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use
              the<br>
              www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
              Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
            </div>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div></div></div><br>
</blockquote></div><br>