<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">Dear all,</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">I need help. I am trying to install Gromacs using Cygwin. However, I do not seem to have access to it. I am very new with Cygwin. I just followed the steps provided by the following sites:&nbsp;</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">http://machine-phase.blogspot.com/2009/04/how-to-install-gromacs-on-windows-vista.html and http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions/Cygwin_HOWTO</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">but in the
 end when I type "luck" it returns "command not found".</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">These are the steps I did.&nbsp;</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">1. Downloaded fftw-3.2.2 and gromacs-4.5.3 and saved them in C:\Packages</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">2. After installing cygwin, I changed directory by typing in the following in order to work with fftw-3.2.2</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">cd /cygdrive/c/Packages/fftw-3.2.2</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial"
 size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">and then I typed in</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">./configure --enable-threads --enable-sse w--enable-float</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">followed by</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">make</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">then&nbsp;</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">make install</font></div><div><font
 class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">2. I then worked for the gromacs-4.5.3 by typing in</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">cd /cygdrive/c/Packages/gromacs-4.5.3&nbsp;</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">and then&nbsp;</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">./configure --enable-shared LDFLAGS="-L/usr/local/lib"</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">make</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial"
 size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">make install</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">make links</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">make clean</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">3. I typed "luck" after all the procedures above but what I get is "command not found". I am still at /cygdrivec/Packages/gromacs-4.5.3.</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span"
 face="arial" size="2">Is this the correct path to run the gromacs?</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">Please help.</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">Thanks. &nbsp;&nbsp;</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial" size="2">&nbsp;</font></div></td></tr></table><br>