<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    On 17/01/2011 6:25 AM, Marcelo Silva wrote:
    <blockquote cite="mid:BAY125-W72FD86292088E40F191AAD4F50@phx.gbl"
      type="cite">
      <style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
      Hello everybody,<br>
      <br>
      I tried to run a simulated annealing protocol with 500 molecules
      of perfluorohexane, trying to optimize their structure and keep on
      with further equilibration.<br>
      Since in the end of simulated annealing there were a lot of holes
      in the NPT box, I've now tried to restrain the positions of the
      perfluorohexane molecules using -DPOSRES (I've attached the mdp
      file).<br>
    </blockquote>
    <br>
    Sounds like you might need to check out FAQ #11.
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/Documentation/FAQs">http://www.gromacs.org/Documentation/FAQs</a><br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:BAY125-W72FD86292088E40F191AAD4F50@phx.gbl"
      type="cite">The problem is that mdrun keeps running in background
      but there's no output showing in the sa.log file. What could be
      the problem?<br>
    </blockquote>
    <br>
    File systems store I/O in temporary areas in memory, and only write
    periodically.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>