<div>Hi,</div>
<div> </div>
<div>I did the energy minimization of my protein (230 amino acids) after adding ions .. and after checking the potential energy of the system I was getting thee graph which is different from the one given  in the lysozyme tutorial i.e. the the potential line in graph is not parallel to the x axix.. Here is are conditions that I used for minimization :</div>

<div><span lang="EN"> </span></div>
<div>
<p>define = -DFLEX_SPC</p>
<p>constraints = none</p>
<p>integrator = steep</p>
<p>nsteps = 50000</p>
<p>;</p>
<p>; Energy minimizing stuff</p>
<p>;</p>
<p>emtol = 2000</p>
<p>emstep = 0.01</p>
<p>nstcomm = 1</p>
<p>ns_type = grid</p>
<p>rlist = 1</p>
<p>coulombtype = PME</p>
<p>rcoulomb = 1.0</p>
<p>rvdw = 1.0</p>
<p>Tcoupl = no</p>
<p>Pcoupl = no</p>
<p>gen_vel = no</p></div>
<div>------------------------</div>
<div>I got the following result :- </div>
<div><span lang="EN"> </span></div>
<div><span lang="EN">Steepest Descents converged to Fmax &lt; 2000 in 296 steps</span></div>
<div>
<p>Potential Energy = -6.9540075e+05</p>
<p>Maximum force = 1.9863752e+03 on atom 1669</p>
<p>Norm of force = 3.7864201e+01</p>
<p>------------------------------</p>
<p>I want to know which parameters are important  to get a correct minimized structure and what value do I have to take for emtol and nsteps to minimize the structure properly.. Also how would I know that at what value of emtol my protein will be minimized.. I checked the manual to get some details but there only the basic theory of minimzation is written.. A detailed explanation will be more helpful...<br clear="all">
<br>-- <br>Bharat<br>Ph.D. Candidate<br>Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>Biomolecular Engineering Laboratory<br>Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>Pusan National University<br>Busan -609735<br>South Korea<br>
Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343</p></div>
<div>Mobile no. - 010-5818-3680<br>E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a></div><br>