<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jan 17, 2011 at 8:29 AM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Send gmx-users mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>
        <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:gmx-users-owner@gromacs.org">gmx-users-owner@gromacs.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than &quot;Re: Contents of gmx-users digest...&quot;<br>
<br>
<br>
Today&#39;s Topics:<br>
<br>
   1. Re: Non integral charges (Erik Marklund)<br>
   2. Re: Non integral charges (Justin A. Lemkul)<br>
   3. Re: Viscosity calculations (Justin A. Lemkul)<br>
   4. Re: Non integral charges (Kavyashree M)<br>
   5. Secondary structure loss in implicit solvent simulations<br>
      (K. Singhal)<br>
   6. Re: Non integral charges (Vitaly Chaban)<br>
   7. Re: Re: Non integral charges (Justin A. Lemkul)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Mon, 17 Jan 2011 13:06:19 +0100<br>
From: Erik Marklund &lt;<a href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Non integral charges<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4D3430BB.20207@xray.bmc.uu.se">4D3430BB.20207@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
It&#39;s pretty close to -1. The difference stems from floating point<br>
conversion errors. There&#39;s nothing to worry about.<br>
<br>
Erik<br>
<br>
Kavyashree M skrev 2011-01-17 13.02:<br>
&gt; Dear gromacs users,<br>
&gt;<br>
&gt; while using grompp I got a message :<br>
&gt;<br>
&gt; &quot; System has non-zero total charge: -9.999998e-01&quot;<br>
&gt;<br>
&gt; This is non integral charges. What should I add using genion?<br>
&gt; +1 charge? Why am I getting such non integral charges?<br>
&gt; I also checked for any breakage in the chain and found no such<br>
&gt; ends.<br>
&gt;<br>
&gt; Kindly suggest<br>
&gt;<br>
&gt; With Regards<br>
&gt; MKS<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
--<br>
-----------------------------------------------<br>
Erik Marklund, PhD student<br>
Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>
Husargatan 3, Box 596,    75124 Uppsala, Sweden<br>
phone:    +46 18 471 4537        fax: +46 18 511 755<br>
<a href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a>    <a href="http://folding.bmc.uu.se/" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se/</a><br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Mon, 17 Jan 2011 07:07:51 -0500<br>
From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Non integral charges<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4D343117.2070005@vt.edu">4D343117.2070005@vt.edu</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
<br>
<br>
Kavyashree M wrote:<br>
&gt; Dear gromacs users,<br>
&gt;<br>
&gt; while using grompp I got a message :<br>
&gt;<br>
&gt; &quot; System has non-zero total charge: -9.999998e-01&quot;<br>
&gt;<br>
&gt; This is non integral charges. What should I add using genion?<br>
&gt; +1 charge? Why am I getting such non integral charges?<br>
<br>
Please see FAQ #30.<br>
<br>
<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/FAQs" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/FAQs</a><br>
<br>
-Justin<br>
<br>
&gt; I also checked for any breakage in the chain and found no such<br>
&gt; ends.<br>
&gt;<br>
&gt; Kindly suggest<br>
&gt;<br>
&gt; With Regards<br>
&gt; MKS<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
--<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Mon, 17 Jan 2011 07:11:29 -0500<br>
From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Viscosity calculations<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4D3431F1.8070203@vt.edu">4D3431F1.8070203@vt.edu</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
<br>
<br>
Xiaohu Li wrote:<br>
&gt; Hi,<br>
&gt;    I&#39;m trying to calculate viscosities of a few ionic liquid and has<br>
&gt; roughly read about Hess&#39;s paper JCP 116 209, 2002.<br>
&gt; Follows are the questions that I have<br>
&gt; (1) For the method which uses the fluctuations of the pressure tensor<br>
&gt; using Green-Kubo relation. I used g_energy -f *.edr -s *.tpr -vis option<br>
&gt; and has obtained<br>
&gt; a few files such as evisco.xvg, eviscoi.xvg and visco.xvg<br>
&gt; The evisco.xvg seems like the one I&#39;m interested, since it has the title as<br>
&gt; @    title &quot;Shear viscosity using Einstein relation&quot;<br>
&gt; and the unit seems also correct. This file has 5 columns, if I<br>
&gt; understand it correctly(by extrapolating from Hess&#39;s paper), the second<br>
&gt; to fourth columns are the results from the off-diagonal elements of the<br>
&gt; pressure<br>
&gt; tensor and the fifth one being the average. Hess&#39;s paper seems to be<br>
&gt; this one(Figure 5). However, the results are way to low for the ionic<br>
&gt; liquid, since I&#39;m getting 1e-7 kg/m.s and way too low for a ionic liquid.<br>
&gt; the eviscoi.xvg file seems to be some kind of integral of evisco.xvg<br>
&gt; which I&#39;m not quite getting what it is.<br>
&gt; visco.xvg contains the shear viscosity and bulk viscosity, which again<br>
&gt; seems to be the one I&#39;m looking for. However, the shear viscosity I&#39;m<br>
&gt; looking is(the region which roughly is constant) about 3~5 times higher<br>
&gt; than the experiment. The simulation is 12ns long. Of course, this could<br>
&gt; mean (1) the force field is bad or (2) the Green-kudo converges too<br>
&gt; slowly as Hess pointed out.<br>
<br>
Either of these are possible.  Have you tried (1) different parameters or (2)<br>
longer simulations?  If the model does not reproduce the experiment, it is not a<br>
very good model...<br></blockquote><div>What about those files evisco.xvg, eviscoi.xvg and visco.xvg? which one could be the correct file to look at?</div><div>I&#39;m using OPLS-AA force field, the density and enthalpy of evaporation are both reasonably reproduced. However, kinetic studies using </div>
<div>OPLS-AA on ionic liquid seems scarce(or I know little enough to not aware of what has been done). </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<br>
&gt; Since it is not getting any useful result, I turned to non-equilibrium<br>
&gt; MD by applying a shear external force, which is in (2)<br>
&gt; (2) I tried both NVT and NPT simulations which uses berendsen coupling<br>
&gt; bath. and set up the cos_acceleration = 0.1 nm/ps^2.<br>
&gt; However, I tried to use g_energy -f *edr -s *tpr and by selecting<br>
&gt; the 1/Viscosity or 2CosZ*Vel-X option, the output are giving me zero<br>
&gt; data points on all times.<br>
&gt;<br>
<br>
This could be related to a bug that was fixed just a few days ago.  Try pulling<br>
the latest stable release from git and trying again. <br></blockquote><div>That sounds like a solution, can you provide a link?</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

<br>
-Justin<br>
<br>
&gt; I tried really hard on searching  results on the user list of gromacs<br>
&gt; but it seems that there are quite a lot questions on this but not a<br>
&gt; single satisfactory answer has been given, the most popular answer<br>
&gt; people gave is refer to Hess&#39;s paper, but even though Hess was giving a<br>
&gt; good theoretical background on this paper, practically on how to set up<br>
&gt; MD jobs is not given.<br>
&gt; So I would appreciate anyone&#39;s hint.<br>
&gt;<br>
&gt; Cheers,<br>
&gt;<br>
&gt; Xiaohu<br>
&gt;<br>
<br>
--<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Mon, 17 Jan 2011 17:41:51 +0530<br>
From: Kavyashree M &lt;<a href="mailto:hmkvsri@gmail.com">hmkvsri@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Non integral charges<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
        &lt;AANLkTins7nzCkP-kk0o+84f=<a href="mailto:OeD7rj2jKYfEiH9dQOmT@mail.gmail.com">OeD7rj2jKYfEiH9dQOmT@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
Thank you Sir!<br>
<br>
With Regards<br>
MKS<br>
<br>
On Mon, Jan 17, 2011 at 5:37 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Kavyashree M wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; Dear gromacs users,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; while using grompp I got a message :<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &quot; System has non-zero total charge: -9.999998e-01&quot;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; This is non integral charges. What should I add using genion?<br>
&gt;&gt; +1 charge? Why am I getting such non integral charges?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Please see FAQ #30.<br>
&gt;<br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/FAQs" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/FAQs</a><br>
&gt;<br>
&gt; -Justin<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;  I also checked for any breakage in the chain and found no such<br>
&gt;&gt; ends.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Kindly suggest<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; With Regards<br>
&gt;&gt; MKS<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; ========================================<br>
&gt;<br>
&gt; Justin A. Lemkul<br>
&gt; Ph.D. Candidate<br>
&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>
&gt; MILES-IGERT Trainee<br>
&gt; Department of Biochemistry<br>
&gt; Virginia Tech<br>
&gt; Blacksburg, VA<br>
&gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
&gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
&gt;<br>
&gt; ========================================<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at<br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface<br>
&gt; or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110117/3b71fe67/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110117/3b71fe67/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 5<br>
Date: Mon, 17 Jan 2011 14:45:37 +0100<br>
From: &quot;K. Singhal&quot; &lt;<a href="mailto:k.singhal@uva.nl">k.singhal@uva.nl</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] Secondary structure loss in implicit solvent<br>
        simulations<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:9C8B103A-1757-4A3E-B7E2-3A7B5E223201@uva.nl">9C8B103A-1757-4A3E-B7E2-3A7B5E223201@uva.nl</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=us-ascii<br>
<br>
Hi<br>
<br>
I have a question regarding the implicit solvent implementation in GROMACS 4.5.1 (with GPU acceleration). I have been trying to simulate molecules with varying size (PYP with 125 AAs, BBA5 with ~20 AAs, and and Trigger Factor with 432 AAs), but can&#39;t seem to be able to maintain the secondary structure in any of them. Can any one suggest a particular set of parameters than need to be taken care of or used with certain fixed values for better results?<br>

<br>
While I have used a varied range of values for almost all parameters, here is the list of parameters recently and unsuccessfully used:<br>
   integrator           = sd<br>
   nsteps               = 10000000<br>
   init_step            = 0<br>
   ns_type              = Grid<br>
   nstlist              = 10<br>
   ndelta               = 2<br>
   nstcomm              = 10<br>
   comm_mode            = Linear<br>
   delta_t              = 0.002<br>
   pme_order            = 4<br>
   ewald_rtol           = 1e-05<br>
   ewald_geometry       = 0<br>
   epsilon_surface      = 0<br>
   optimize_fft         = FALSE<br>
   ePBC                 = xyz<br>
   bPeriodicMols        = FALSE<br>
   bContinuation        = FALSE<br>
   bShakeSOR            = FALSE<br>
   etc                  = No<br>
   nsttcouple           = -1<br>
   epc                  = No<br>
   epctype              = Isotropic<br>
   nstpcouple           = -1<br>
   tau_p                = 1<br>
   andersen_seed        = 815131<br>
   rlist                = 1.1<br>
   rlistlong            = 2.5<br>
   rtpi                 = 0.05<br>
   coulombtype          = Cut-off<br>
   rcoulomb_switch      = 0<br>
   rcoulomb             = 2.5<br>
   vdwtype              = Cut-off<br>
   rvdw_switch          = 0<br>
   rvdw                 = 2.5<br>
   epsilon_r            = 1<br>
   epsilon_rf           = 1<br>
   implicit_solvent     = GBSA<br>
   gb_algorithm         = OBC<br>
   gb_epsilon_solvent   = 80<br>
   nstgbradii           = 1<br>
   rgbradii             = 1.1<br>
   gb_saltconc          = 0.02<br>
   gb_obc_alpha         = 1<br>
   gb_obc_beta          = 0.8<br>
   gb_obc_gamma         = 4.85<br>
   gb_dielectric_offset = 0.009<br>
   sa_algorithm         = Still<br>
   sa_surface_tension   = 2.092<br>
   shake_tol            = 7.5e-06<br>
   bd_fric              = 0.5<br>
   ld_seed              = 2010<br>
<br>
Thanks and Regards<br>
Kush<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Kushagra Singhal<br>
Promovendus, Computational Chemistry<br>
Universiteit van Amsterdam<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 6<br>
Date: Mon, 17 Jan 2011 09:25:53 -0500<br>
From: Vitaly Chaban &lt;<a href="mailto:vvchaban@gmail.com">vvchaban@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] Re: Non integral charges<br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Message-ID:<br>
        &lt;<a href="mailto:AANLkTimFLitXcgEhOTucxm1ERau57C9EaEMCiyiK4c%2B-@mail.gmail.com">AANLkTimFLitXcgEhOTucxm1ERau57C9EaEMCiyiK4c+-@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1<br>
<br>
&gt; while using grompp I got a message :<br>
&gt;<br>
&gt; &quot; System has non-zero total charge: -9.999998e-01&quot;<br>
&gt;<br>
&gt; This is non integral charges. What should I add using genion?<br>
&gt; +1 charge? Why am I getting such non integral charges?<br>
&gt; I also checked for any breakage in the chain and found no such<br>
&gt; ends.<br>
&gt;<br>
&gt; Kindly suggest<br>
&gt;<br>
&gt; With Regards<br>
&gt; MKS<br>
<br>
Dear MKS:<br>
<br>
You should check the topology file(s) personally since it(they)<br>
presumably not healthy.<br>
<br>
--<br>
=========================<br>
Dr. Vitaly V. Chaban, Ph.D.<br>
Department of Chemistry<br>
University of Rochester<br>
Rochester, New York 14627-0216<br>
The United States of America<br>
=========================<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 7<br>
Date: Mon, 17 Jan 2011 09:28:44 -0500<br>
From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Re: Non integral charges<br>
To: <a href="mailto:vvchaban@gmail.com">vvchaban@gmail.com</a>, Discussion list for GROMACS users<br>
        &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4D34521C.6000705@vt.edu">4D34521C.6000705@vt.edu</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
<br>
<br>
Vitaly Chaban wrote:<br>
&gt;&gt; while using grompp I got a message :<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &quot; System has non-zero total charge: -9.999998e-01&quot;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; This is non integral charges. What should I add using genion?<br>
&gt;&gt; +1 charge? Why am I getting such non integral charges?<br>
&gt;&gt; I also checked for any breakage in the chain and found no such<br>
&gt;&gt; ends.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Kindly suggest<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; With Regards<br>
&gt;&gt; MKS<br>
&gt;<br>
&gt; Dear MKS:<br>
&gt;<br>
&gt; You should check the topology file(s) personally since it(they)<br>
&gt; presumably not healthy.<br>
&gt;<br>
<br>
The magnitude of the deviation from -1 (only 0.000002) is almost certainly due<br>
to rounding errors and is nothing serious in this case.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
--<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<font color="#888888"><br>
--<br>
gmx-users mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 81, Issue 104<br>
******************************************<br>
</font></blockquote></div><br>