Thanks Igor.<br><br>I read some discussion about the fudgeLJ between GLYCAM and amber99SB. <br>I am getting the feeling that ACPYPE takes care of it when it converts AMBER top and crd to GMX top and gro. Is that correct?<br>
<br>JH<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jan 17, 2011 at 12:07 PM, Igor Marques <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:igor.dragon88@gmail.com">igor.dragon88@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
hi there jianhui!<br><br>i don&#39;t know if i&#39;m fully understanding your situation, but hey, here it goes:<br><ul><li>attacha you&#39;ll find acpype.py</li><li>download it</li><li>change it to a executable file (<span style="font-family: courier new,monospace;">chmod +x acpype.py</span>)</li>


<li>then run accordingly to its instructions or try it like in this example: <span style="font-family: courier new,monospace;">./acpype.py -p file.top -x file.crd</span></li></ul>good luck,<br clear="all">      Igor Marques<br>



<br><br><div class="gmail_quote"><div><div></div><div class="h5">On Mon, Jan 17, 2011 at 6:37 PM, Jianhui Tian <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jianhuitian@gmail.com" target="_blank">jianhuitian@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="h5">

I did find this page and followed the instructions. But I can not download it.<br><br>JH<br><br><br>Date: Mon, 17 Jan 2011 06:47:35 +1100<br>
From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] ACPYPE download<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4D334B57.7050106@anu.edu.au" target="_blank">4D334B57.7050106@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<div><div></div><div><br>
<br>
On 17/01/2011 5:05 AM, Jianhui Tian wrote:<br>
&gt; Hi there,<br>
&gt;<br>
&gt; I am trying to convert a AMBER XLEaP generated topology file of<br>
&gt; Glycoprotein to GMX. The mailling list showed that ACPYPE should do<br>
&gt; the work. However, I can not get the program following the<br>
&gt; instructions on the wiki page. Is there anyone who has successful<br>
&gt; experience using ACPYPE and would be willing to provide me the program?<br>
<br>
Did you find this page? <a href="http://code.google.com/p/acpype/wiki/HowToUse" target="_blank">http://code.google.com/p/acpype/wiki/HowToUse</a><br>
<br>
Mark<br>
</div></div><br></div></div>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br>
</blockquote></div><br>