<div>Dear friends,</div>
<div>I have constructed a .top file for a CNT by g_x2top. to do this I have added C-C interactions in .n2t file and also related ff in .atomtypes.atp. I have also a .top file for a peptide by pdb2gmx.</div>
<div>My aim is to construct a simulation system in which I want to see the adsorption. </div>
<div> </div>
<div>I don&#39;t know the next steps, could you guide me for further steps?</div>
<div>My second question; I have .gro and .tp files for both CNT and peptide, do I need any other files such as .itp or .ndx?</div>
<div>Last question: Do you have such a tutorial?</div>
<div> </div>
<div>best wishes</div>
<div>trevor</div>
<div>  </div>