<br /><br /><span>On 01/19/11, <b class="name">Adam Bin Idu Jion </b> &lt;g0601079@nus.edu.sg&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:DE5872F64CD8964FA16144315C608F4A0C955E77A5@MBX25.stu.nus.edu.sg" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html"><span dir="ltr"><p>
<meta content="text/html; charset=iso-8859-1" http-equiv="Content-Type" />
<style id="owaTempEditStyle"></style><style title="owaParaStyle">&lt;!--P {
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}
--&gt;</style>
<table><tbody><tr><td ocsi="x"><p>
</p><div style="font-family: Tahoma; direction: ltr; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;">
<div ><br/></div>
<div dir="ltr"><font color="#000000" face="Tahoma" size="2">Hi!</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">I'm simulating a 10-residue protein. My trajectory files record these residues in terms of x, y, z coordinates.</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">Can Gromacs convert these coordinates into dihedral angles for each residue?</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">For example,</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">Residue 1: SinPhi = 20, Sin Psi =25, Cos Phi = 15, Sin Phi =75</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">Residue 2: etc .. etc</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2"></font> </div></div></td></tr></tbody></table></p></span></div></blockquote><span></span>Yes. GROMACS comes with dozens of utility programs, which are grouped by category in section 7.4, discussed in the next chapter, and described individually in detail in the appendices. Do look in those places first before emailing the list - it will be faster and you'll learn more. g_chi is probably what you want.<br /><br />Mark<br /><blockquote cite="mid:DE5872F64CD8964FA16144315C608F4A0C955E77A5@MBX25.stu.nus.edu.sg" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html"><span dir="ltr"><p><table><tbody><tr><td ocsi="x"><div style="font-family: Tahoma; direction: ltr; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;"><div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2"></font></div>
</div>
</td></tr></tbody></table>
</p></span>
</div></blockquote>