<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Message: 2<br>
Date: Wed, 19 Jan 2011 23:23:12 +0100<br>
From: Berk Hess &lt;<a href="mailto:gmx3@hotmail.com">gmx3@hotmail.com</a>&gt;<br>
Subject: RE: [gmx-users] RE: Important: Bugs in NEMD calculation<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;COL113-W651FF8B51B6E10B91E0E4F8EF60@phx.gbl&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
It seems you are right.<br>
The density is calculated a few lines before 1/visc is stored, but it is not being used.<br>
Strange that this always went unnoticed, since it already seems to have been wrong in 4.0.<br>
The density of water is so close to 1000 that you wouldn&#39;t notice the difference<br>
<br>
But in a quick test I don&#39;t get the correct viscosity either way.<br>
I will have to find time for a thorough check.<br>
Do you get the right answer by dividing by the missing density term in src/mdlib/mdebin.c?<br>
<br>
Berk<br></blockquote><div>Well, my force field can not reproduce the experiment anyway. <br>However, the wrong way of calculating in NEMD(vol instead of dens) is getting visocisty much much lower than what I got from using g_energy -vis.<br>
If I&#39;m understanding correctly, the one with visco.xvg(column 1 vs column 2) should be the one I&#39;m supposed to look at, even with 12ns simulation, this does not converge, but roughly speaking the NEMD results with the vol replaced by rho(I wrote a outside script to calculate this) is on the same order of magnitude as the g_energy -vis using green-kudo(is that right?) expression.<br>
<br>Xiaohu<br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
Date: Wed, 19 Jan 2011 14:48:32 -0600<br>
From: <a href="mailto:xiaohuli914@gmail.com">xiaohuli914@gmail.com</a><br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Subject: [gmx-users] RE: Important: Bugs in NEMD calculation<br>
<br>
<br>
<br>
Date: Wed, 19 Jan 2011 20:43:20 +0100<br>
<br>
From: Berk Hess &lt;<a href="mailto:gmx3@hotmail.com">gmx3@hotmail.com</a>&gt;<br>
<br>
Subject: RE: [gmx-users] Important: Bugs in NEMD calculation<br>
<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
<br>
Message-ID: &lt;COL113-W2019E7174AFFBAEF819A1A8EF60@phx.gbl&gt;<br>
<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
&gt; Date: Wed, 19 Jan 2011 19:13:12 +0100<br>
<br>
&gt; From: <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>
<br>
&gt; To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<br>
&gt; Subject: Re: [gmx-users] Important: Bugs in NEMD calculation<br>
<br>
&gt;<br>
<br>
&gt; On 2011-01-19 18.36, Xiaohu Li wrote:<br>
<br>
&gt; &gt; Hi, All,<br>
<br>
&gt; &gt;       I&#39;ve found a bug in the NEMD calculation for viscosity. This has<br>
<br>
&gt; &gt; been reviewed in /*Hess&#39;s paper at JCP 116 209 2002.*/<br>
<br>
&gt; &gt;       The version of gromacs I&#39;m using is the development version.<br>
<br>
&gt; &gt; Notice that this version correct a previous but of 4.5.3, where you uses<br>
<br>
&gt; &gt; NEMD, both the term V(eq. 21 on Hess&#39;s paper) and 1/eta(shear viscosity<br>
<br>
&gt; &gt; inverse) are supposed to be written to the *.edr file, however,<br>
<br>
&gt; &gt; the 4.5.3 versions does not have this. This version can be retrieved at<br>
<br>
&gt; &gt; <a href="http://repo.or.cz/w/gromacs.git/commit/c83de86d65ce7135be6cef15e9100d7516e6d9a7" target="_blank">http://repo.or.cz/w/gromacs.git/commit/c83de86d65ce7135be6cef15e9100d7516e6d9a7</a><br>
<br>
&gt; &gt; *However, even this version is buggy since eta=A*rho/(V*k**2)(eq. 20<br>
<br>
&gt; &gt; Hess&#39;s paper)*. *I have performed simulation and has found out that the<br>
<br>
&gt; &gt; V and eta which are written in *edr file does not match according to the<br>
<br>
&gt; &gt; formula, a little further check on the source code mdebin.c under the<br>
<br>
&gt; &gt; directory src/mdlib shows that it is actually calculating<br>
<br>
&gt; &gt; eta=A*Volume/(V*k**2) where density of rho should have been used. (This<br>
<br>
&gt; &gt; is at line 755 of mdebin.c ).<br>
<br>
&gt; &gt;      I hope everyone who is using this can be aware of this, if you ever<br>
<br>
&gt; &gt; used this code to produce data, the V is correct from *edr, however, you<br>
<br>
&gt; &gt; need to manuelly get your eta using the above formula.<br>
<br>
&gt; &gt;      For the GMX developers, I hope anyone of you can correct this bug.<br>
<br>
&gt; &gt;<br>
<br>
<br>
<br>
I fixed this bug recently is the git release-4-5-patches branch.<br>
<br>
You can get the fix from git and it will be in the 4.5.4 release<br>
<br>
(no date yet).<br>
Which one are you referring to? The one I got is the one you uploaded that fixed the zero viscosity and 2*cosZ*vel-x in edr file.<br>
This bug refers the wrong calculation of 1/eta.<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
&gt; Thanks for pointing that out. There also is a small issue in that the<br>
<br>
&gt; volume is computed for a rectangular box<br>
<br>
&gt;          vol  = box[XX][XX]*box[YY][YY]*box[ZZ][ZZ];<br>
<br>
&gt;          dens = (tmass*AMU)/(vol*NANO*NANO*NANO);<br>
<br>
&gt;<br>
<br>
&gt; which would be incorrect for a non-rectangular box. You should however<br>
<br>
&gt; use a rectangular box for this kind of calculations, although this is<br>
<br>
&gt; not enforced by grompp.<br>
<br>
<br>
<br>
No.<br>
<br>
That formula is correct for any triclinic box!<br>
<br>
<br>
<br>
Berk<br>
<br>
<br>
<br>
&gt;<br>
<br>
&gt; &gt;<br>
<br>
&gt; &gt;<br>
<br>
&gt; &gt; Xiaohu<br>
<br>
&gt; &gt; *<br>
<br>
&gt; &gt;<br>
<br>
&gt;<br>
<br>
&gt;<br>
<br>
&gt; --<br>
<br>
&gt; David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
<br>
&gt; Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
<br>
&gt; Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:        +46184714205.<br>
<br>
&gt; <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>    <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>
<br>
&gt; --<br>
<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
<br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
<br>
-------------- next part --------------<br>
<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110119/1ffc9f59/attachment.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110119/1ffc9f59/attachment.html</a><br>

<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
<br>
gmx-users mailing list<br>
<br>
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
<br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
<br>
<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 81, Issue 127<br>
<br>
******************************************<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110119/78703d32/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110119/78703d32/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Wed, 19 Jan 2011 17:29:02 -0500<br>
From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] CNT<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4D3765AE.6080307@vt.edu">4D3765AE.6080307@vt.edu</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
<br>
<br>
trevor brown wrote:<br>
&gt; Dear Justin,<br>
&gt; Regarding our previous discussion under &quot;CNT&quot; topic, you want to know<br>
&gt; exactly what I did to define C-C interaction. I have summarized it below.<br>
&gt;<br>
&gt; 1. I copied oplsaa.ff folder in my working directory<br>
&gt; 2. I added following lines to atomname2type.n2t<br>
&gt; C    opls_995    0      12.011  2    C  0.142  C 0.142<br>
&gt; C    opls_996    0      12.011  3    C  0.142  C 0.142  C 0.142<br>
&gt; C    opls_997    0      12.011  4    C  0.142  C 0.142  C 0.142 C 0.142<br>
&gt; C    opls_998    0      12.011  5    C  0.142  C 0.142  C 0.142 C 0.142<br>
&gt; C 0.142<br>
&gt; 3. I added those to atomtypes.atp<br>
&gt;  opls_995   12.01100  ;<br>
&gt;  opls_996   12.01100  ;<br>
&gt;  opls_997   12.01100  ;<br>
&gt;  opls_998   12.01100  ;<br>
&gt;<br>
&gt; 4. I added those to ffbonded.itp<br>
&gt; [ bondtypes ]<br>
&gt;   C     C    1   0.14210   478900<br>
&gt;  [ angletypes ]<br>
&gt;   C   C    C  1 120.000 562.2<br>
&gt;  [ dihedraltypes ]<br>
&gt; 5. I constructed .top file for CNT with the following, then I converted<br>
&gt; it into .itp by vi editor<br>
&gt; g_x2top -f cnt.gro -o cnt.top -nopairs -nexcl 5<br>
&gt; 6. By pdb2gmx, I obtained .top for peptide then I converted it into .itp<br>
&gt; 7. I combined CNT and peptide&#39;s pdbs in pymol and saved.<br>
&gt; 8. I wrote a .top file given below,<br>
&gt; ;<br>
&gt; ; File &#39;topol.top&#39; was generated<br>
&gt; ; By user: onbekend (0)<br>
&gt; ; On host: onbekend<br>
&gt; ; At date: Mon Jan 10 02:51:19 2011<br>
&gt; ;<br>
&gt; ; This is a standalone topology file<br>
&gt; ;<br>
&gt; ; It was generated using program:<br>
&gt; ; pdb2gmx - VERSION 4.5.3<br>
&gt; ;<br>
&gt; ; Command line was:<br>
&gt; ; pdb2gmx -ignh -f vpgvg10.pdb<br>
&gt; ;<br>
&gt; ; Force field was read from the standard Gromacs share directory.<br>
&gt; ;<br>
&gt; ; Include forcefield parameters<br>
&gt; #include &quot;forcefield.itp&quot;<br>
&gt;<br>
<br>
Be careful with this - if you move this topology between directories, it will<br>
call any forcefield.itp file that may be in the working directory.  What did you<br>
remove the &quot;oplsaa.ff&quot; prefix?<br>
<br>
&gt; ; Include topology for CNT<br>
&gt; #include &quot;cnt.itp&quot;<br>
&gt; ; Include topology for UW1<br>
&gt; #include &quot;uw1.itp&quot;<br>
&gt; ; Include water topology<br>
&gt; #include &quot;spc.itp&quot;<br>
&gt; [ system ]<br>
&gt; ; Name<br>
&gt; Protein and CNT in water<br>
&gt; [ molecules ]<br>
&gt; ; Compound        #mols<br>
&gt; Protein             1<br>
&gt; CNT                 1<br>
&gt; SOL                 4019<br>
&gt; 9. When I make grompp for minimization it givea me the following error<br>
&gt; WARNING 1 [file ffbonded.itp, line 2703]:<br>
&gt;   Overriding Bond parameters.<br>
&gt;   old: 0.151 292880 0.151 292880<br>
&gt;   new: C     C    1   0.14210   478900<br>
&gt;<br>
&gt; ERROR 1 [file ffbonded.itp, line 2707]:<br>
&gt;   Not enough parameters<br>
&gt; Generated 334153 of the 334153 non-bonded parameter combinations<br>
&gt; Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5<br>
&gt; Generated 334153 of the 334153 1-4 parameter combinations<br>
&gt; -------------------------------------------------------<br>
&gt; Program grompp, VERSION 4.5.3<br>
&gt; Source code file: toppush.c, line: 1166<br>
&gt; Fatal error:<br>
&gt; Atomtype opls_996 not found<br>
&gt;<br>
&gt; That is all what I exactly did. Is anything wrong or missing?<br>
&gt;<br>
<br>
You never defined nonbonded parameters for your new atom type.  You&#39;ve declared<br>
that it exists in the .atp file, but then you didn&#39;t add that atom type in<br>
ffnonbonded.itp.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
&gt; best wishes<br>
&gt; trevor<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
--<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<font color="#888888"><br>
--<br>
gmx-users mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 81, Issue 130<br>
******************************************<br>
</font></blockquote></div><br>