<br /><br /><span>On 01/20/11, parthiban@ncbs.res.in wrote:</span><blockquote cite="mid:602bc2e86b2fc5093d7fe7b6969022f0.squirrel@mail.ncbs.res.in" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">&gt; Message: 5<br />&gt; Date: Wed, 19 Jan 2011 08:37:20 -0500<br />&gt; From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br />&gt; Subject: Re: [gmx-users] Re: Problem in Disulfide Bond<br />&gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br />&gt; Message-ID: &lt;4D36E910.6030106@vt.edu&gt;<br />&gt; Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br />&gt;<br />&gt;<br />&gt;<br />&gt; parthiban@ncbs.res.in wrote:<br />&gt;&gt; Hi<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt; I am using a dimer for my simulation system which is connected by 2<br />&gt;&gt; disulfide bonds.<br />&gt;&gt; After energy minimization for even few cycles, the disulfide bond breaks<br />&gt;&gt; which is not expected.<br />&gt;<br />&gt; Bonds do not break in classical molecular mechanics.  One of two things is<br />&gt; happening:<br />&gt;<br />&gt; 1. There was never a bond to begin with (check your topology)<br />There do a bond exists.</div></blockquote><br />So you can see in your [bonds] section an entry for the two atom numbers?<br /><br /><blockquote cite="mid:602bc2e86b2fc5093d7fe7b6969022f0.squirrel@mail.ncbs.res.in" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain"><br />&gt; 2. The bond is highly strained, in which case something is wrong with your<br />&gt; structure.<br />&gt;<br />&gt;&gt; i have applied amber99 force field and prepared the system. while i<br />&gt;&gt; tried<br />&gt;&gt; with another force field in Gromacs which did not worked at all.<br />&gt;<br />&gt; What does that mean?  What failed?<br />As said previously the bond is strained only after pdb2gmx itself. is<br />there any other way to fix it.</div></blockquote><br />Previously you said the bond was strained after EM. pdb2gmx is not capable of straining a bond.<br /><br />Be sure you are not looking at &quot;bonds&quot; generated via heuristics in some visualization program. If pdb2gmx is generating a disulfide bond, it will say so in the standard output, and you will be able to find it in the [bonds] section. Otherwise, there is no bond.<br /><br />Mark<br /><br /><blockquote cite="mid:602bc2e86b2fc5093d7fe7b6969022f0.squirrel@mail.ncbs.res.in" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">but in gendral the molecule is free from strains.<br />&gt;<br />&gt;&gt; also i have tried by editing specbond.dat as well but of no use.<br />&gt;<br />&gt; In what way?  Have you seen the information at:<br />&gt;<br />&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/File_Formats/specbond.dat" target="l">http://www.gromacs.org/Documentation/File_Formats/specbond.dat</a><br />&gt;<br /><br />i tried to alter the distance of cys bond length by +/-.<br /> reg,<br />Parthi.<br /><br />&gt; -Justin<br />&gt;<br />&gt;&gt; can any one share/discuss some ideas how to fix this.<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt; reg's,<br />&gt;&gt; Parthiban.<br />&gt;&gt;<br /><br /><br />-- <br />gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br /><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br />www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /></div></blockquote>