<div>Hi Justin,</div>
<div>I added lines to ffnonbonded.itp. It resulted in following error. It has some warnings and an error. I am interested in error. After that I will look at the warnings. In which file we may have an error? It is not specified.</div>

<div> </div>
<div>best wishes</div>
<div>trevor</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>Generated 335790 of the 335790 non-bonded parameter combinations<br>Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5<br>Generated 335790 of the 335790 1-4 parameter combinations<br>Excluding 5 bonded neighbours molecule type &#39;ICE&#39;<br>
Excluding 3 bonded neighbours molecule type &#39;Protein&#39;<br>Excluding 2 bonded neighbours molecule type &#39;SOL&#39;<br>Warning: atom name 170 in topol.top and final2.gro does not match (H1 - CA)<br>Warning: atom name 171 in topol.top and final2.gro does not match (H2 - C)<br>
Warning: atom name 172 in topol.top and final2.gro does not match (H3 - O)<br>Warning: atom name 173 in topol.top and final2.gro does not match (CA - CB)<br>Warning: atom name 174 in topol.top and final2.gro does not match (HA - CG)<br>
Warning: atom name 175 in topol.top and final2.gro does not match (CB - CD1)<br>Warning: atom name 176 in topol.top and final2.gro does not match (HB1 - CD2)<br>Warning: atom name 177 in topol.top and final2.gro does not match (HB2 - HA)<br>
Warning: atom name 178 in topol.top and final2.gro does not match (CG - HB1)<br>Warning: atom name 179 in topol.top and final2.gro does not match (HG - HB2)<br>Warning: atom name 180 in topol.top and final2.gro does not match (CD1 - HG)<br>
Warning: atom name 184 in topol.top and final2.gro does not match (CD2 - HD21)<br>Warning: atom name 185 in topol.top and final2.gro does not match (HD21 - HD22)<br>Warning: atom name 186 in topol.top and final2.gro does not match (HD22 - HD23)<br>
Warning: atom name 187 in topol.top and final2.gro does not match (HD23 - H1)<br>Warning: atom name 188 in topol.top and final2.gro does not match (C - H2)<br>Warning: atom name 189 in topol.top and final2.gro does not match (O - N)<br>
Warning: atom name 190 in topol.top and final2.gro does not match (N - CA)<br>Warning: atom name 191 in topol.top and final2.gro does not match (H - C)<br>Warning: atom name 192 in topol.top and final2.gro does not match (CA - O)<br>
(more than 20 non-matching atom names)</div>
<div>WARNING 2 [file topol.top, line 39]:<br>  184 non-matching atom names<br>  atom names from topol.top will be used<br>  atom names from final2.gro will be ignored</div>
<div> </div>
<div>There were 2 warnings</div>
<div>-------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 4.5.3<br>Source code file: grompp.c, line: 1356</div>
<div>Fatal error:<br>There was 1 error in input file(s)<br></div>