<br /><br /><span>On 01/20/11, <b class="name">Adwait Mevada </b> &lt;adwait@imsc.res.in&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:20110120170802.2f9bq9vsgo4gck4c@banyan.imsc.res.in" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain"><br /> Dear gmx-users,<br /> I am simulating a dppc + chol system, the force field is martini with gromacs 3.3.3 the system was initially run for 150 ns, but i had to later extend the simulation, so using the confout.gro and with mdp options:<br />gen_vel = no<br />unconstrained_start = yes<br /> I gave a re-run for another 850 ns, now due to some interaction the box explodes after 460ns of run.I found that the cause was due to some unwanted bad contact.<br />It is important that the system continue from the previous state, but the extension is leading to this bad contact.</div></blockquote><br />Actually, you didn't preserve your ensemble if you used the .gro file for the coordinates. See <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Doing_Restarts">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Doing_Restarts</a> Actually providing us with copies of the commands you're using is always a good idea when asking for help.<br /><br />Mark<br /><blockquote cite="mid:20110120170802.2f9bq9vsgo4gck4c@banyan.imsc.res.in" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain"><br />My question is, is there a way to avoid this while retaining the continuation of the previous simulation?<br /> Is using lower precision file a solution to this problem? if yes how do i go about it.<br />-Adwait<br /><br />----------------------------------------------------------------<br />This message was sent using IMP, the Internet Messaging Program.<br /><br />-- <br />gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br /><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /></div></blockquote>