<br /><br /><span>On 01/20/11, parthiban@ncbs.res.in wrote:</span><blockquote cite="mid:450f235586f72d95f54f6b49389626c8.squirrel@mail.ncbs.res.in" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">&gt; Message: 3<br />&gt; Date: Thu, 20 Jan 2011 09:30:00 +0000<br />&gt; From: Oliver Grant &lt;olivercgrant@gmail.com&gt;<br />&gt; Subject: Re: [gmx-users] Re: Problem in Disulfide Bond<br />&gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br />&gt; Message-ID:<br />&gt;         &lt;AANLkTin5r=+mn5edW=ZqdhRu8fAcoQEdoViXC8X28StC@mail.gmail.com&gt;<br />&gt; Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br />&gt;<br />&gt; Show us that part of your topology. When you used ffamberports have you<br />&gt; renamed the CYS to CYS2?<br />&gt;<br />&gt; Oliver<br />&gt;<br /><br />could you explain this in detail where this change have to done.? i can<br />check again.<br /><br />&gt; ------------------------------<br />&gt;<br />&gt; Message: 4<br />&gt; Date: Thu, 20 Jan 2011 20:54:39 +1100<br />&gt; From: Mark Abraham &lt;mark.abraham@anu.edu.au&gt;<br />&gt; Subject: Re: [gmx-users] Re: Problem in Disulfide Bond<br />&gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br />&gt; Message-ID: &lt;7690be842aff.4d38a10f@anu.edu.au&gt;<br />&gt; Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br />&gt;<br />&gt;<br />&gt;<br />&gt;&gt; &gt; parthiban@ncbs.res.in wrote:<br />&gt;&gt; &gt;&gt; Hi<br />&gt;&gt; &gt;&gt;<br />&gt;&gt; &gt;&gt; I am using a dimer for my simulation system which is connected by 2<br />&gt;&gt; &gt;&gt; disulfide bonds.<br />&gt;&gt; &gt;&gt; After energy minimization for even few cycles, the disulfide bond<br />&gt;&gt; breaks<br />&gt;&gt; &gt;&gt; which is not expected.<br />&gt;&gt; &gt;<br />&gt;&gt; &gt; Bonds do not break in classical molecular mechanics.  One of two<br />&gt;&gt; things is<br />&gt;&gt; &gt; happening:<br />&gt;&gt; &gt;<br />&gt;&gt; &gt; 1. There was never a bond to begin with (check your topology)<br />&gt;&gt; There do a bond exists.<br />&gt;&gt;<br />&gt;<br />&gt; So you can see in your [bonds] section an entry for the two atom numbers?<br /><br />I cant see any corresponding entry with res.to CYS residues.</div></blockquote><br />So you didn't make a bond. Anything you saw in pymol or vmd is irrelevant. They didn't read your .top file and that's what counts. You need to call pdb2gmx properly.<br /><br />Mark<br /><blockquote cite="mid:450f235586f72d95f54f6b49389626c8.squirrel@mail.ncbs.res.in" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">&gt;<br />&gt;<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt; &gt; 2. The bond is highly strained, in which case something is wrong with<br />&gt;&gt; your<br />&gt;&gt; &gt; structure.<br />&gt;&gt; &gt;<br />&gt;&gt; &gt;&gt; i have applied amber99 force field and prepared the system. while i<br />&gt;&gt; &gt;&gt; tried<br />&gt;&gt; &gt;&gt; with another force field in Gromacs which did not worked at all.<br />&gt;&gt; &gt;<br />&gt;&gt; &gt; What does that mean?  What failed?<br />&gt;&gt; As said previously the bond is strained only after pdb2gmx itself. is<br />&gt;&gt; there any other way to fix it.<br />&gt;&gt;<br />&gt;<br />&gt; Previously you said the bond was strained after EM. pdb2gmx is not capable<br />&gt; of straining a bond.<br />&gt;<br />&gt; Be sure you are not looking at &quot;bonds&quot; generated via heuristics in some<br />&gt; visualization program. If pdb2gmx is generating a disulfide bond, it will<br />&gt; say so in the standard output, and you will be able to find it in the<br />&gt; [bonds] section. Otherwise, there is no bond.<br />&gt;<br />&gt; Mark<br />&gt;<br /><br />I used pymol and vmd to visualize this<br /><br />Thanks<br />Parthiban.<br /><br />-- <br />gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br /><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br />www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /></div></blockquote>