In the pdb, before pdb2gmx, rename the CYS residues involved in the S-S bonds as CYS2. <br>If you don&#39;t know this then you need to read everything on this page about using the amberports:<br><a href="http://ffamber.cnsm.csulb.edu/">http://ffamber.cnsm.csulb.edu/</a><br>

As you may have other issues with HIS and LYS residues.<br><br>Oliver<br><div class="gmail_quote"><br></div><br>