<br /><br /><span>On 01/20/11, <b class="name">maria goranovic </b> &lt;mariagoranovic@gmail.com&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:AANLkTimb35m=h_7PcFB9ZCdSc8Pqo_6jSuzxQHKfpukZ@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html">Hi<div><br /></div><div>I have a protein whose topology I built using pdb2gmx with the -ss option and the opls-aa force field. When I run grompp, the total charge on the protein is reported as 2.9 (not 2.999). Why a non-zero charge? Does this have something to do with the disulfide bridge?</div></div></blockquote><br />Something is materially wrong, like mangled termini. Have a look at the resulting structure.<br /><br /><blockquote cite="mid:AANLkTimb35m=h_7PcFB9ZCdSc8Pqo_6jSuzxQHKfpukZ@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html"><div>Secondly, when I run a simulation of the same protein (7000 atoms) with certain restraints in vacuum, the simulation runs very slow. I am wondering why. I am not using particle decomposition. the box size is 50 x 50 x 50 nm. Using 4.5.3</div></div></blockquote><br />Have a look at the end of the .log file for some performance data. How are you assessing &quot;very slow&quot;?<br /><br />Mark