<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:10pt"><span style="font-family: times new roman,new york,times,serif;">On </span><font style="font-family: times new roman,new york,times,serif;" face="Tahoma" size="2">Thu, January 20, 2011 at 6:41</font><span style="font-family: times new roman,new york,times,serif;"> PM, </span><font style="font-family: times new roman,new york,times,serif;" face="Tahoma" size="2">Sweta Iyer &lt;iyer@wehi.EDU.AU&gt; wrote:</font><br>&gt; Hi, I am trying to generate topology files for a set of lipids with the<br>&gt; help of topolbuild1_3.tgz package found at the other software page of<br>&gt; GROMACS website.<br>&gt; <br>&gt; I downloaded and installed all files and tried running the program with a<br>&gt; MOL2 file with charges in it. However, it shows an error message as<br>&gt; follows:<br>&gt; <br>&gt; Fatal
 error.<br>&gt; Source code file: readmol2.c, line: 758<br>&gt; Atom 1 (C) has 3 connections when allowed 0<br>&gt; <br> &gt; I am not sure how to get over this problem! Wonder what will fix this<br>&gt; error and get the program running!<div>&nbsp;<br>A major requirement of topolbuild is that the mol2 file use correct atom<br>
types as defined by Tripos, whose file format mol2 is, and as used in Sybyl.<br>
The error message suggests that you have not specified correct Tripos Sybyl<br>atom types.&nbsp; There may be other problems in your mol2 file as well.<br>Correct the atom types and check that the file is otherwise syntactically<br>correct and it should work.<br><br>However, I believe that lipid topology files for gromacs are already available<br>for download.<br><br>I hope that helps.<br><br><br></div>-- <br>Bruce D. Ray, Ph.D.<br>Associate Scientist<br>IUPUI<br>Physics Dept.<br>402 N. Blackford St.<br>Indianapolis, IN  46202-3273<div><br></div>
</div><br>

      </body></html>