<br>
<div class="gmail_quote"><br>I want to calculate the rmsd of amino acid 65 to 67 of two simulated proteins with  loop replacement in another one to find out how the position of these 3  amino acids change due to the replacement of a loop region in same protein ... How can I achieve it with gromacs...<br clear="all">
<br>-- <br>Bharat<br>Ph.D. Candidate<br>Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>Biomolecular Engineering Laboratory<br>Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>Pusan National University<br>Busan -609735<br>South Korea<br>
Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343 
<div>Mobile no. - 010-5818-3680<br>E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a></div><br></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Bharat<br>Ph.D. Candidate<br>Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>
Biomolecular Engineering Laboratory<br>Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>Pusan National University<br>Busan -609735<br>South Korea<br>Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343 
<div>Mobile no. - 010-5818-3680<br>E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a></div><br>