Dear Justin,<br><br>Fatal Error:<br>Chain identifier 'A' was used in two non-sequential blocks (residue 710, atom 5449)<br>I have sometimes this error for some pdb files.<br>1. Missing atom and residues entries, that GROMACS is unable to reconstruct.<br>
2. HETATM entries which can not be processed using pdb2gmx.<br>Solution:<br>After I am reconstructing the pdb file using Swiss pdb viewer program (<span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">that is, the program</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">is doing</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">fixes)</span></span> , I am deleting the HETATM entries, I can process it using pdb2gmx.<br clear="all">
<br><span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">Is</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">this</span> </span><span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">solution</span><span class="" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın"></span></span><span id="result_box" class="short_text" lang="en"> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">the right</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps"></span><span class="" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">?</span></span> <span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">Are there</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">disadvantages</span><span class="" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">?</span></span><br>
-- <br>Ahmet YILDIRIM<br>