<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:10pt;color:#000000;"><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 10pt; ">Hi</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 10pt; "><br></div><div><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 10pt; ">In John's "GROMACS tutorial for solvation study of spider toxin peptide", he has included a suggested em.mdp files to set up an in vacuo minimization.</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 10pt; ">But I had some noted while
 conducting the grompp before em.</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 10pt; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Analysing residue names:</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">There are: &nbsp; &nbsp;35 &nbsp; &nbsp;Protein residues</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Analysing Protein...</font></div><div style="margin-top: 0px;
 margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 990.00</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Largest charge group radii for Van der Waals: 0.238, 0.238 nm</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Largest charge group radii for Coulomb: &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.238, 0.238 nm</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><br></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left:
 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">NOTE 2 [file em_steep.mdp]:</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">&nbsp;&nbsp;The sum of the two largest charge group radii (0.476006) is larger than</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">&nbsp;&nbsp;rlist (1.400000) - rvdw (1.000000)</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><br></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif"
 size="2"><br></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><br></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">NOTE 3 [file em_steep.mdp]:</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">&nbsp;&nbsp;The sum of the two largest charge group radii (0.476006) is larger than</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">&nbsp;&nbsp;rlist (1.400000) - rcoulomb (1.000000)</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px;
 margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><br></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><br></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">This run will generate roughly 0 Mb of data</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><br></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">There were 3 notes</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px;
 margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><br></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Back Off! I just backed up em.tpr to ./#em.tpr.1#</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><br></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">gcq#243: "Uh-oh .... Right Again" (Laurie Anderson)</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><br></font></div><div style="margin-top: 0px;
 margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">I've read through some of the posts in the mailing list and realised that doing some adjustment on the cut-off would solve this. Yet I'm not sure how to justify the adjustment.</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><br></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Option A: Increase my rlist to 1.5 leaving the rest cut-off at 1.0? And set my rcoulomb_switch and rvdw_swithch at 0.8?</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif"
 size="2">Option B: Increase my rlist to 1.6 while leaving the rest cut-off at 1.2 and set my&nbsp;</font><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: small; ">rcoulomb_switch and rvdw_swithch at 1.0?</span></div><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><br></font></div></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 10pt; ">I'm using GROMACS-4.5.3. And I attach mt em_steep.mdp file i this email.</div></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 10pt; ">Suggestions are all
 welcomed.</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 10pt; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 10pt; ">Thanks,</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 10pt; ">Joyce</div><div style="position: fixed; color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 10pt; "></div>


</div><br></body></html>