<HTML dir=ltr><HEAD>
<META content="text/html; charset=unicode" http-equiv=Content-Type>
<META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.7600.16700"></HEAD>
<BODY>
<DIV><FONT color=#000000 size=2 face=Arial>Dear all,</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>This must be a pretty simple problem but&nbsp;I am stuck nonetheless. I have been using the lipids from Prof Tieleman's website without any problem on gromacs 4.0.7. </FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Now that I've got 4.5.3 installed, I want to try&nbsp;the&nbsp;g_membed tool&nbsp;but have encountered these problems.</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Following Justin's&nbsp;tutorial&nbsp;which&nbsp;gives a good tip on&nbsp;how to deal with the changes introduced in 4.5.3, these&nbsp;are&nbsp;the things&nbsp;I have done&nbsp;+ the output</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>1) gave new names to&nbsp;the&nbsp;modified&nbsp; itp files from 4.0.7</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>ffG53a6_lipid.itp to forcefield.itp</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>ffG53a6nb_lipid.itp to ffnonbonded.itp</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>ffG53a6bon_lipid.itp to ffbonded.itp</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>2) created a folder gromos53a6_lipid.ff in the working directory&nbsp;to contain the files in (1)</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>3) copied aminoacids.c.tdb, aminoacids.n.tdb, aminoacids.hdb, aminoacids.r2b, aminoacids.rtp, aminoacids.vsd, ff_dumitp, spc.itp, ions.itp, watermodels.dat from $GMXLIB&nbsp;into the&nbsp;gromos53a6_lipid.ff folder created in step (2).&nbsp;The created a forcefield.doc as instructed.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>4) created .itp for my protein with&nbsp;pdb2gmx&nbsp; </FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><A href="mailto:huiwen3@magnum">huiwen3@magnum</A> 182% pdb2gmx -f protein_moved.pdb -o protein_pdb2gmx.pdb -p protein.top -ignh<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Giant Rising Ordinary Mutants for A Clerical Setup</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 4.5.3&nbsp; (-:</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by Emile Apol, Rossen Apostolov, Herman J.C. Berendsen,<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Aldert van Buuren, Pär Bjelkmar, Rudi van Drunen, Anton Feenstra,<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gerrit Groenhof, Peter Kasson, Per Larsson, Pieter Meulenhoff,<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Teemu Murtola, Szilard Pall, Sander Pronk, Roland Schulz,<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Michael Shirts, Alfons Sijbers, Peter Tieleman,</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2010, The GROMACS development team at<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Uppsala University &amp; The Royal Institute of Technology, Sweden.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out <A href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</A> for more information.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; pdb2gmx&nbsp; (-:</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<BR>------------------------------------------------------------<BR>&nbsp; -f protein_moved.pdb&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Structure file: gro g96 pdb tpr etc.<BR>&nbsp; -o protein_pdb2gmx.pdb&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Structure file: gro g96 pdb etc.<BR>&nbsp; -p&nbsp;&nbsp;&nbsp; protein.top&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Topology file<BR>&nbsp; -i&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posre.itp&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Include file for topology<BR>&nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; clean.ndx&nbsp; Output, Opt. Index file<BR>&nbsp; -q&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; clean.pdb&nbsp; Output, Opt. Structure file: gro g96 pdb etc.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Type&nbsp;&nbsp; Value&nbsp;&nbsp; Description<BR>------------------------------------------------------<BR>-[no]h&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Print help info and quit<BR>-[no]version bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Print version info and quit<BR>-nice&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the nicelevel<BR>-chainsep&nbsp;&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp; id_or_ter&nbsp; Condition in PDB files when a new chain and<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; molecule_type should be started: id_or_ter,<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; id_and_ter, ter, id or interactive<BR>-ff&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; string select&nbsp; Force field, interactive by default. Use -h for<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; information.<BR>-water&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp; select&nbsp; Water model to use: select, none, spc, spce,<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tip3p, tip4p or tip5p<BR>-[no]inter&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the next 8 options to interactive<BR>-[no]ss&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive SS bridge selection<BR>-[no]ter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive termini selection, iso charged<BR>-[no]lys&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive Lysine selection, iso charged<BR>-[no]arg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive Arganine selection, iso charged<BR>-[no]asp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive Aspartic Acid selection, iso charged<BR>-[no]glu&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive Glutamic Acid selection, iso charged<BR>-[no]gln&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive Glutamine selection, iso neutral<BR>-[no]his&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive Histidine selection, iso checking<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H-bonds<BR>-angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 135&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Minimum hydrogen-donor-acceptor angle for a<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H-bond (degrees)<BR>-dist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 0.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Maximum donor-acceptor distance for a H-bond (nm)<BR>-[no]una&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Select aromatic rings with united CH atoms on<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Phenylalanine, Tryptophane and Tyrosine<BR>-[no]ignh&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ignore hydrogen atoms that are in the pdb file<BR>-[no]missing bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Continue when atoms are missing, dangerous<BR>-[no]v&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Be slightly more verbose in messages<BR>-posrefc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp; Force constant for position restraints<BR>-vsite&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp; none&nbsp;&nbsp;&nbsp; Convert atoms to virtual sites: none, hydrogens<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; or aromatics<BR>-[no]heavyh&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Make hydrogen atoms heavy<BR>-[no]deuterate bool no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Change the mass of hydrogens to 2 amu<BR>-[no]chargegrp bool yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Use charge groups in the rtp file<BR>-[no]cmap&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Use cmap torsions (if enabled in the rtp file)<BR>-[no]renum&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Renumber the residues consecutively in the output<BR>-[no]rtpres&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Use rtp entry names as residue names</FONT></DIV><FONT size=2 face=Arial>
<DIV><BR>Select the Force Field:<BR>From current directory:<BR>&nbsp;1: GROMOS96 53A6 force field, extended to include Berger lipid parameters<BR>From '/usr/remote/gromacs/4.5.3/share/gromacs/top':<BR>&nbsp;2: AMBER03 force field (Duan et al., J. Comp. Chem. 24, 1999-2012, 2003)<BR>&nbsp;3: AMBER94 force field (Cornell et al., JACS 117, 5179-5197, 1995)<BR>&nbsp;4: AMBER96 force field (Kollman et al., Acc. Chem. Res. 29, 461-469, 1996)<BR>&nbsp;5: AMBER99 force field (Wang et al., J. Comp. Chem. 21, 1049-1074, 2000)<BR>&nbsp;6: AMBER99SB force field (Hornak et al., Proteins 65, 712-725, 2006)<BR>&nbsp;7: AMBER99SB-ILDN force field (Lindorff-Larsen et al., Proteins 78, 1950-58, 2010)<BR>&nbsp;8: AMBERGS force field (Garcia &amp; Sanbonmatsu, PNAS 99, 2782-2787, 2002)<BR>&nbsp;9: CHARMM27 all-atom force field (with CMAP) - version 2.0<BR>10: GROMOS96 43a1 force field<BR>11: GROMOS96 43a2 force field (improved alkane dihedrals)<BR>12: GROMOS96 45a3 force field (Schuler JCC 2001 22 1205)<BR>13: GROMOS96 53a5 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)<BR>14: GROMOS96 53a6 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)<BR>15: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)<BR>16: [DEPRECATED] Encad all-atom force field, using full solvent charges<BR>17: [DEPRECATED] Encad all-atom force field, using scaled-down vacuum charges<BR>18: [DEPRECATED] Gromacs force field (see manual)<BR>19: [DEPRECATED] Gromacs force field with hydrogens for NMR<BR></DIV>
<DIV>I selected 14 .... </DIV>
<DIV>Q: should I pick 1 instead?<BR></DIV></FONT>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>5) combined protein and lipid structure files with cat protein_moved.pdb popc_solvated.pdb &gt; merged.pdb, deleted some uneccessary lines and&nbsp;changed CRYST1 to that of the lipid&nbsp;&nbsp;</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>6) Obtained a sample.mdp file from <A href="http://wwwuser.gwdg.de/~ggroenh/membed.html">http://wwwuser.gwdg.de/~ggroenh/membed.html</A></FONT><FONT size=2 face=Arial> called it g_membed_sample.mdp</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>7) did grompp -f sample.mdp -c merged.pdb -p merged.top -o input.tpr and got this error</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Giant Rising Ordinary Mutants for A Clerical Setup</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 4.5.3&nbsp; (-:</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by Emile Apol, Rossen Apostolov, Herman J.C. Berendsen,<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Aldert van Buuren, Pär Bjelkmar, Rudi van Drunen, Anton Feenstra,<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gerrit Groenhof, Peter Kasson, Per Larsson, Pieter Meulenhoff,<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Teemu Murtola, Szilard Pall, Sander Pronk, Roland Schulz,<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Michael Shirts, Alfons Sijbers, Peter Tieleman,</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2010, The GROMACS development team at<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Uppsala University &amp; The Royal Institute of Technology, Sweden.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out <A href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</A> for more information.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; grompp&nbsp; (-:</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<BR>------------------------------------------------------------<BR>&nbsp; -f g_membed_sample.mdp&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; grompp input file with MD parameters<BR>&nbsp;-po&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mdout.mdp&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; grompp input file with MD parameters<BR>&nbsp; -c&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; merged.pdb&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Structure file: gro g96 pdb tpr etc.<BR>&nbsp; -r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Structure file: gro g96 pdb tpr etc.<BR>&nbsp;-rb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Structure file: gro g96 pdb tpr etc.<BR>&nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; index.ndx&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Index file<BR>&nbsp; -p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; merged.top&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Topology file<BR>&nbsp;-pp&nbsp; processed.top&nbsp; Output, Opt. Topology file<BR>&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; input.tpr&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Run input file: tpr tpb tpa<BR>&nbsp; -t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.trr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Full precision trajectory: trr trj cpt<BR>&nbsp; -e&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ener.edr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Energy file</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Type&nbsp;&nbsp; Value&nbsp;&nbsp; Description<BR>------------------------------------------------------<BR>-[no]h&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Print help info and quit<BR>-[no]version bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Print version info and quit<BR>-nice&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the nicelevel<BR>-[no]v&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Be loud and noisy<BR>-time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; -1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Take frame at or first after this time.<BR>-[no]rmvsbds bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Remove constant bonded interactions with virtual<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sites<BR>-maxwarn&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of allowed warnings during input processing<BR>-[no]zero&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set parameters for bonded interactions without<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; defaults to zero instead of generating an error<BR>-[no]renum&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Renumber atomtypes and minimize number of<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atomtypes</FONT></DIV><FONT size=2 face=Arial>
<DIV><BR>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.3#</DIV>
<DIV>NOTE 1 [file g_membed_sample.mdp]:<BR>&nbsp; nstcomm &lt; nstcalcenergy defeats the purpose of nstcalcenergy, setting<BR>&nbsp; nstcomm to nstcalcenergy</DIV>
<DIV>Generated 165 of the 1596 non-bonded parameter combinations</DIV>
<DIV>-------------------------------------------------------<BR>Program grompp, VERSION 4.5.3<BR>Source code file: toppush.c, line: 1166</DIV>
<DIV>Fatal error:<BR>Atomtype LC3 not found<BR>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<BR>website at <A href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</A><BR>-------------------------------------------------------</DIV>
<DIV>"Your Country Needs YOU" (U.S. Army)</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>8) My merged.top looks like this</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>; Include forcefield parameters<BR>#include "gromos53a6.ff/forcefield.itp"</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>;Include Protein Topology<BR>#include "protein.itp"</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>; Include Position restraint file<BR>#ifdef POSRES<BR>#include "posre.itp"<BR>#endif<BR>;<BR>;</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>;Include POPC topology<BR>#include "popc.itp"<BR>;</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>;Include water topology<BR>#include "gromos53a6.ff/spc.itp"</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>#ifdef POSRES_WATER<BR>; Position restraint for each water oxygen<BR>[ position_restraints ]<BR>;&nbsp; i funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcz<BR>&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000<BR>#endif</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>; Include topology for ions<BR>#include "gromos53a6.ff/ions.itp"</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>[ system ]<BR>; Name<BR>POPC in water + Protein</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>[ molecules ]<BR>; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<BR>Protein_X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 339<BR>SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16865<BR></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>I am certain I have LC3 in the&nbsp;ffnonbonded.itp file I created in step (1)...&nbsp;</DIV></FONT>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Many thanks for your help in advance.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Huiwen</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV> <<
<p><font face="Arial" size="2">
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