<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hello friends,<div><br></div><div>I have installed mdrun-gpu v. 4.5.3 without incident on my group's computer with a suitable GPU. &nbsp;The computer uses a Linux OS. &nbsp;CUDA and OpenMM are installed in the usual places. &nbsp;I created the topol.tpr file with grompp v. 4.5.3, also without incident. &nbsp;When I run ./mdrun-gpu -v, the following error message is produced:</div><div><br></div><div><meta charset="utf-8"><font class="Apple-style-span" color="#003471" face="'Lucida Console', Courier, monospace" size="4"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-size: 14px; line-height: 21px;"><div><font class="Apple-style-span" face="Helvetica" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;"><font class="Apple-style-span" color="#000000">Program mdrun-gpu, VERSION 4.5.3</font></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Helvetica" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;"><font class="Apple-style-span" color="#000000">Source code file: /home/smberman/sourcecode/gromacs-4.5.3/src/kernel/openmm_wrapper.cpp, line: 1259</font></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Helvetica" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;"><font class="Apple-style-span" color="#000000"><br></font></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Helvetica" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;"><font class="Apple-style-span" color="#000000">Fatal error:</font></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Helvetica" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;"><font class="Apple-style-span" color="#000000">The requested platform "CUDA" could not be found.</font></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Helvetica" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;"><font class="Apple-style-span" color="#000000">For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS</font></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Helvetica" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;"><font class="Apple-style-span" color="#000000">website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a></font></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Helvetica" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;"><font class="Apple-style-span" color="#000000">-------------------------------------------------------</font></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Helvetica" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;"><font class="Apple-style-span" color="#000000"><br></font></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Helvetica" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;"><font class="Apple-style-span" color="#000000">I have the following in my .bash_profile:</font></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Helvetica" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;"><font class="Apple-style-span" color="#000000"><div>export PATH=~/bin:~/usr/bin:~/usr/local/bin:/usr/local/cuda/bin:$PATH:.</div><div><br></div><div>LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/openmm/lib:/usr/local/cuda/lib"</div><div>export LD_LIBRARY_PATH</div><div><br></div><div>I have run the available tests that came with the OpenMM library, and the CUDA tests pass.</div><div><br></div><div>Could someone please explain what this error means and the appropriate way to remedy it? &nbsp;Thank you!!</div><div><font class="Apple-style-span" color="#003471" face="'Lucida Console', Courier, monospace" size="4"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"><font class="Apple-style-span" color="#000000" face="Helvetica" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;"><br></span></font></span></font></div></font></span></font></div></span></font><div>
<div>Best,</div><div><br></div><div>Solomon Berman</div>
</div><div>Chemistry Department</div><div>Boston University</div>
<br></div></body></html>