<p style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" class="MsoNormal"><font size="2"><span>Dear gmx users,</span></font></p><p style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" class="MsoNormal"><font size="2"><br></font><font size="2"><span></span></font></p>


<p style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" class="MsoNormal"><font size="2"><span>I have installed the parallel version  4.0.7 of gromacs on one of the nodes of my cluster. Here is the steps I&#39;ve done through root:<br>

</span></font></p><p style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" class="MsoNormal">
<font size="2"><span><br></span></font></p><p style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" class="MsoNormal"><font size="2"><span>first, the normal installation:</span></font></p>

<pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><font size="2">./configure</font></pre><pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><font size="2">make</font></pre><pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">

<font size="2">make install</font></pre><pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><font size="2">make links</font></pre>

<p style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" class="MsoNormal"><font size="2"><span> </span></font><font size="2"><br></font></p><p style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" class="MsoNormal"><font size="2">then issued commands below for the mpi build:<br>


</font></p><pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><font size="2">./configure <code>--enable-mpi</code></font></pre><pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><font size="2">make mdrun</font></pre>


<pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><font size="2">make install-mdrun</font></pre><pre><font style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" size="2">make links<br><br><br>I dont see any errors and everything seems to install fine.<br>

<br>I then switch to a normal user to do my work and then after issuing the grompp_md command as usual, I entered the command below:<br></font><font size="2"><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><br><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">mpirun -np 8 mdrun_mpi -s *.tpr -o *.tpr -c *_after_md -v &gt;&amp; output.mdrun_md</span><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">

</font><font size="2"><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"></font><font><font style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" size="2">however, output.mdrun_md gives:</font></font><font size="2"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"> </span><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">

<br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">mpirun was unable to launch the specified application as it could not find an executable:</span><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">

<br><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Executable: mdrun_mpi</span><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Node: node3.reyclus.loc</span><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">

<br><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">while attempting to start process rank 0.</span><br><br><br></font></pre><font size="2">Was the installation procedure incorrect? Or do I need to go through a separate installation for the mdrun_mpi executable? Please guide me on what is wrong. <br>

<br>Thanks,<br>Justin</font>