<div>Hello,</div>
<div> </div>
<div>I have run 10 ns simulation for ligand-receptor complex. For analysis, I checked RMSD, Radius of gyration, Hydrogen bonds and distance using g_dist. </div>
<div> </div>
<div>In the RMSD plot, the whole simulation shows RMSD between 0 - 0.5nm , but after 5ns I get long vertical lines upto 2.5 nm. I dont know whats the reason for that. I am sending the RMSD plot as attachment.</div>
<div>These lines are not seen in case of hydrogen bond plot and distance plot. Please help me out.</div>
<div> </div>
<div>Thanks.</div>
<div> </div>
<div>Regards,</div>
<div> </div>
<div>Archana</div>