Dear GROMACS users,<br><br>I have received the following error when trying to convert a pdb file (containing N-methylated L- Leucine residue) to gro format.  I am using ffG53a6 forcefield.<br> <br><br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/FF.dat<br>
<br>Select the Force Field:<br> 0: GROMOS96 43a1 force field <br> 1: GROMOS96 43a2 force field (improved alkane dihedrals)<br> 2: GROMOS96 45a3 force field (Schuler JCC 2001 22 1205)<br> 3: GROMOS96 53a5 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656) <br>
 4: GROMOS96 53a6 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656) <br> 5: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)<br> 6: [DEPRECATED] Gromacs force field (see manual)<br> 7: [DEPRECATED] Gromacs force field with hydrogens for NMR<br>
 8: Encad all-atom force field, using scaled-down vacuum charges<br> 9: Encad all-atom force field, using full solvent charges    <br>4<br>Opening library file ffG53a6.rtp<br>Opening library file aminoacids.dat<br>Opening library file aminoacids.dat<br>
WARNING: masses will be determined based on residue and atom names,<br>         this can deviate from the real mass of the atom type<br>Opening library file atommass.dat<br>Entries in atommass.dat: 178<br>WARNING: vdwradii will be determined based on residue and atom names,<br>
         this can deviate from the real mass of the atom type<br>Opening library file vdwradii.dat<br>Entries in vdwradii.dat: 28<br>Opening library file dgsolv.dat<br>Entries in dgsolv.dat: 7<br>Opening library file electroneg.dat<br>
Entries in electroneg.dat: 71<br>Opening library file elements.dat<br>Entries in elements.dat: 218<br>Reading 16L6_6S17_start.pdb...<br>WARNING: all CONECT records are ignored<br>Read &#39;6S17 &#39;, 39 atoms<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/xlateat.dat<br>
26 out of 26 lines of xlateat.dat converted succesfully<br>Analyzing pdb file<br>There are 1 chains and 0 blocks of water and 6 residues with 39 atoms<br><br>  chain  #res #atoms<br>  1 &#39; &#39;     6     39  <br><br>All occupancies are one<br>
Opening library file ffG53a6.atp<br>Atomtype 1<br>Reading residue database... (ffG53a6)<br>Opening library file ffG53a6.rtp<br>Using default: not generating all possible dihedrals<br>Using default: excluding 3 bonded neighbors<br>
Using default: generating 1,4 H--H interactions<br>Using default: removing impropers on same bond as a proper<br><br><b>-------------------------------------------------------<br>Program pdb2gmx, VERSION 4.0.5<br>Source code file: resall.c, line: 321<br>
<br>Fatal error:<br>in .rtp file at line:<br><br><br>-------------------------------------------------------<br></b><br><br>Could you please let me know what could be the problem..?<br><br>yours sincerely,<br>Uday.<br>