<div>Hi,</div>
<div> </div>
<div>I am interested in carrying out umbrella sampling for a protein in explicit solvent with the charmm forcefield. I want to impose a harmonic potential in the dihedral space of only some specific atoms in the protein molecule. I am having trouble figuring out a way to apply this using gromacs. Can I get some help on this?</div>


<div> </div>
<div>Thanks</div>
<div>Pooja</div>
<div> </div>
<div>p.s. I have seen the tutorial on US by Justin but I am not sure if that is applicable to a single molecule when the purpose is to obtain the free-energy function associated with the transition in dihedral angles of specific some atoms in a protein molecule<br clear="all">

<br>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br></div>