HI Friends,<br><br>I get the following note,<br><br>The Berendsen thermostat does not generate the correct kinetic energy<br>&nbsp; distribution. You might want to consider using the V-rescale thermostat.<br><br>I want to keep the T at 300K, so does it matter to select any  thermostat method?<br><br><br>Another note when i use PME:<br><br>Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.97<br><br>NOTE 1 [file aminoacids.dat, line 1]:<br>&nbsp; The optimal PME mesh load for parallel simulations is below 0.5<br>&nbsp; and for highly parallel simulations between 0.25 and 0.33,<br>&nbsp; for higher performance, increase the cut-off and the PME grid spacing<br><br>So what is the reason? I use type=PME<br><br>Is my setting proper?<br><br>Thanks<br><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>