Hi,<br><br>In my simulation, total charge of the system is a noninteger number (System has non-zero total charge: 8.000004e+00). I neutralized it with 8 chlorine atoms. <br>Then, grompp -f em.mdp -p topol.top -c solvated.gro -o em.tpr<br>
<br>Fatal error:<br>
moleculetype CU1 is redefined<br>is it some thing wrong?<br><br><span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">Below is</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">the first</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">and</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">final version</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">of the .top file</span></span>:<br>
<br>First topol.top File<br><b>....</b><br>[ molecules ]<br>; Compound #mols<br>Protein_chain_P 1<br>Protein_chain_L 1<br>Protein_chain_H 1<br>SOL 10<br>SOL 127<br>
SOL 157<br>SOL 41779<br><b></b><br><br>Final topol.top File<br><b>#include "ions.itp"</b><br><br>[ molecules ]<br>; Compound #mols<br>Protein_chain_P 1<br>Protein_chain_L 1<br>
Protein_chain_H 1<br>SOL 10<br>SOL 127<br>SOL 157<br>SOL <b>41771</b><br><b>CL- 8</b><br><br><br><br><br><br clear="all">
<br>-- <br>Ahmet YILDIRIM<br>