<br><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Message: 4<br>
Date: Wed, 26 Jan 2011 12:53:17 -0500<br>
From: Justin Kat &lt;<a href="mailto:justin.kat@mail.mcgill.ca">justin.kat@mail.mcgill.ca</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] mdrun_mpi executable not found<br>
To: &quot;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;,        Discussion list for GROMACS<br>
        users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
        &lt;AANLkTinJXi=<a href="mailto:7zN80eBnj01VkGggv6tzKst33qkTVy_P9@mail.gmail.com">7zN80eBnj01VkGggv6tzKst33qkTVy_P9@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
Thank you, I have been to that page probably a good 100 times by now.<br>
<br>
Was the &#39;No.&#39; response with regards to my primary question? Or to the<br>
one within the parentheses?<br>
<br>
Suppose I remove my existing installation and reinstall, I am hoping<br>
to figure out when/where exactly should I specify<br>
--program-suffix=_mpi so as to not overwrite the pre-existing serial<br>
mdrun as I have mistakenly done so with my current installation.<br>
<br>
<br>
*./configure --enable-mpi --program-suffix=_mpi<br>
**make mdrun<br>
**make install-mdrun<br>
**make links*<br>
<br>
Lastly, if the above set of commands are incorrect, or will not carry<br>
out what I intend (to build a separate mdrun_mpi executable apart from<br>
the existing mdrun after a normal build), I am kindly requesting for a<br>
suitable revision.<br>
<br></blockquote><div>Have you tried<br> ./configure --help<br> to find out where the installation is?<br>by default gromacs will be installed at /usr/local/gromacs (according to ./configure --help).<br>If it&#39;s not installed there, do you have a openmpi or mpich compiler in your path?<br>
if not, then specify ./configure   --enable-mpi --program-suffix=_mpi MPICC=&lt;your own mpi compiler&gt;<br><br>Xiaohu<br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">

<br>
<br>
Thanks,<br>
Justin<br>
<br>
<br>
On 26/01/2011 8:50 AM, Justin Kat wrote:<br>
&gt;* Alright. So meaning I should have instead issued:<br>
*&gt;*<br>
*&gt;* ./configure --enable-mpi --program-suffix=_mpi<br>
<br>
<br>
*&gt;* make mdrun<br>
*&gt;* make install-mdrun<br>
*&gt;* make links<br>
*&gt;*<br>
*&gt;* to have installed an MPI-enabled executable called mdrun_mpi apart<br>
*&gt;* from the existing mdrun executable? (Would I also need to append the<br>
<br>
<br>
*&gt;* _mpi suffix when issuing the first two make and make install commands<br>
*&gt;* above?<br>
*<br>
No. See <a href="http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions" target="_blank">http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions</a><br>
<br>
<br>
<br>
Mark<br>
<br>
&gt;*<br>
*&gt;* Thanks,<br>
*&gt;* Justin<br>
*&gt;*<br>
*&gt;* On Mon, Jan 24, 2011 at 8:08 PM, Justin A. Lemkul &lt;jalemkul at<br>
<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<br>
<br>
<br>
*<br>
- Show quoted text -<br>
&gt;* &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul">jalemkul</a> at <a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;&gt;&gt; wrote:<br>

*&gt;*<br>
*&gt;*<br>
*&gt;*<br>
*&gt;*     Justin Kat wrote:<br>
<br>
*&gt;*     &gt; Thank you for the reply!<br>
<br>
*&gt;*     &gt;<br>
*&gt;*     &gt; hmm mdrun_mpi does not appear in the list of executables in<br>
*&gt;*     &gt; /usr/local/gromacs/bin (and well therefore not in /usr/local/bin).<br>
*&gt;*     &gt;<br>
<br>
<br>
*&gt;*     &gt; Which set of installation commands that I used should have<br>
*&gt;*     compiled the<br>
*&gt;*     &gt; mdrun_mpi executable? And how should I go about getting the<br>
*&gt;*     mdrun_mpi<br>
<br>
<br>
*&gt;*     &gt; executable at this point?<br>
*&gt;*     &gt;<br>
*&gt;*<br>
*&gt;*     I see it now.  When you configured with --enable-mpi, you didn&#39;t<br>
*&gt;*     specify<br>
*&gt;*     --program-suffix=_mpi, so the installation procedure over-wrote<br>
<br>
<br>
*&gt;*     your existing<br>
*&gt;*     (serial) mdrun with an MPI-enabled one simply called &quot;mdrun.&quot;  The<br>
*&gt;*     configure<br>
*&gt;*     output should have warned you about this.  You could, in theory,<br>
<br>
<br>
*&gt;*     simply re-name<br>
*&gt;*     your existing executable &quot;mdrun_mpi&quot; and then re-install a serial<br>
*&gt;*     mdrun, if you<br>
*&gt;*     need it.<br>
*&gt;*<br>
*&gt;*     -Justin<br>
<br>
<br>
*&gt;*<br>
*&gt;*     --<br>
*&gt;*     ========================================<br>
*&gt;*<br>
*&gt;*     Justin A. Lemkul<br>
*&gt;*     Ph.D. Candidate<br>
*&gt;*     ICTAS Doctoral Scholar<br>
<br>
<br>
*&gt;*     MILES-IGERT Trainee<br>
*&gt;*     Department of Biochemistry<br>
*&gt;*     Virginia Tech<br>
*&gt;*     Blacksburg, VA<br>
*<br>
&gt;*     jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<br>
<br>
<br>
*<br>
&gt;*     <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
*&gt;*<br>
*&gt;*     ========================================<br>
<br>
<br>
*&gt;*     --<br>
*<br>
&gt;*     gmx-users mailing list gmx-users at <a href="http://gromacs.org" target="_blank">gromacs.org</a> &lt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<br>

*&gt;*     &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users">gmx-users</a> at <a href="http://gromacs.org" target="_blank">gromacs.org</a><br>
&lt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;&gt;<br>
<br>
<br>
*<br>
&gt;*     <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
*&gt;*     Please search the archive at<br>
*&gt;*     <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
<br>
<br>
*&gt;*     Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
*<br>
&gt;*     www interface or send it to gmx-users-request at <a href="http://gromacs.org" target="_blank">gromacs.org</a> &lt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<br>

<br>
<br>
*&gt;*     &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request">gmx-users-request</a> at <a href="http://gromacs.org" target="_blank">gromacs.org</a><br>
&lt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;&gt;.<br>
*<br>
&gt;*     Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
*&gt;*<br>
*&gt;*<br>
*<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110126/389781fa/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110126/389781fa/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br><br></blockquote></div>