<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    On 26/01/2011 5:50 AM, TJ Mustard wrote:
    <blockquote
cite="mid:1326883969.24193.1295981410881.JavaMail.open-xchange@oxusgw01.lxa.perfora.net"
      type="cite">
      <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
      <title></title>
      <p style="margin: 0px;">Hi all,</p>
      <p style="margin: 0px;"> </p>
      <p style="margin: 0px;">I am running MD/FEP on a protein-ligand
        system with gromacs 4.5.3 and FFTW 3.2.2.</p>
      <p style="margin: 0px;"> </p>
      <p style="margin: 0px;">My iMac will run the job (over 4000 steps,
        till I killed it) at 4fs steps. (I am using heavy H)</p>
      <p style="margin: 0px;"> </p>
      <p style="margin: 0px;">Once I put this on our groups AMD Cluster
        the jobs fail even with 2fs steps. (with thousands of lincs
        errors)</p>
      <p style="margin: 0px;"> </p>
      <p style="margin: 0px;">We have recompiled the clusters gromacs
        4.5.3 build, with no change. I know the system is the same since
        I copied the job from the server to my machine, to rerun it.</p>
      <p style="margin: 0px;"> </p>
      <p style="margin: 0px;">What is going on? Why can one machine run
        a job perfectly and the other cannot? I also know there is
        adequate memory on both machines.</p>
    </blockquote>
    <br>
    You've posted this before, and I made a number of diagnostic
    suggestions. What did you learn?<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:1326883969.24193.1295981410881.JavaMail.open-xchange@oxusgw01.lxa.perfora.net"
      type="cite">
      <p style="margin: 0px;"> </p>
      <p style="margin: 0px;">Below is my command sequence:</p>
      <p style="margin: 0px;"> </p>
      <p style="margin: 0px;">echo
==============================================================================================================================<br>
        date &gt;&gt;RNAP-C.joblog<br>
        echo g453s-grompp -f em.mdp -c RNAP-C_b4em.gro -p RNAP-C.top -o
        RNAP-C_em.tpr<br>
        /share/apps/gromacs-4.5.3-single/bin/g453s-grompp -f em.mdp -c
        RNAP-C_b4em.gro -p RNAP-C.top -o RNAP-C_em.tpr<br>
        date &gt;&gt;RNAP-C.joblog<br>
        echo g453s-mdrun -v -s RNAP-C_em.tpr -c RNAP-C_after_em.gro -g
        emlog.log -cpo state_em.cpt -nt 2<br>
        /share/apps/gromacs-4.5.3-single/bin/g453s-mdrun -v -s
        RNAP-C_em.tpr -c RNAP-C_after_em.gro -g emlog.log -cpo
        stat_em.cpt -nt 2<br>
        date &gt;&gt;RNAP-C.joblog<br>
        echo g453s-grompp -f pr.mdp -c RNAP-C_after_em.gro -p RNAP-C.top
        -o RNAP-C_pr.tpr<br>
        /share/apps/gromacs-4.5.3-single/bin/g453s-grompp -f pr.mdp -c
        RNAP-C_after_em.gro -p RNAP-C.top -o RNAP-C_pr.tpr<br>
        echo g453s-mdrun -v -s RNAP-C_pr.tpr -e pr.edr -c
        RNAP-C_after_pr.gro -g prlog.log -cpo state_pr.cpt -nt 2 -dhdl
        dhdl-pr.xvg<br>
        /share/apps/gromacs-4.5.3-single/bin/g453s-mdrun -v -s
        RNAP-C_pr.tpr -e pr.edr -c RNAP-C_after_pr.gro -g prlog.log -cpo
        state_pr.cpt -nt 2 -dhdl dhdl-pr.xvg<br>
        date &gt;&gt;RNAP-C.joblog<br>
        echo g453s-grompp -f md.mdp -c RNAP-C_after_pr.gro -p RNAP-C.top
        -o RNAP-C_md.tpr<br>
        /share/apps/gromacs-4.5.3-single/bin/g453s-grompp -f md.mdp -c
        RNAP-C_after_pr.gro -p RNAP-C.top -o RNAP-C_md.tpr<br>
        date &gt;&gt;RNAP-C.joblog<br>
        echo g453s-mdrun -v -s RNAP-C_md.tpr -o RNAP-C_md.trr -c
        RNAP-C_after_md.gro -g md.log -e md.edr -cpo state_md.cpt -nt 2
        -dhdl dhdl-md.xvg<br>
        /share/apps/gromacs-4.5.3-single/bin/g453s-mdrun -v -s
        RNAP-C_md.tpr -o RNAP-C_md.trr -c RNAP-C_after_md.gro -g md.log
        -e md.edr -cpo state_md.cpt -nt 2 -dhdl dhdl-md.xvg<br>
        date &gt;&gt;RNAP-C.joblog<br>
        echo g453s-grompp -f FEP.mdp -c RNAP-C_after_md.gro -p
        RNAP-C.top -o RNAP-C_fep.tpr<br>
        /share/apps/gromacs-4.5.3-single/bin/g453s-grompp -f FEP.mdp -c
        RNAP-C_after_md.gro -p RNAP-C.top -o RNAP-C_fep.tpr<br>
        date &gt;&gt;RNAP-C.joblog<br>
        echo g453s-mdrun -v -s RNAP-C_fep.tpr -o RNAP-C_fep.trr -c
        RNAP-C_after_fep.gro -g fep.log -e fep.edr -cpo state_fep.cpt
        -nt 2 -dhdl dhdl-fep.xvg<br>
        /share/apps/gromacs-4.5.3-single/bin/g453s-mdrun -v -s
        RNAP-C_fep.tpr -o RNAP-C_fep.trr -c RNAP-C_after_fep.gro -g
        fep.log -e fep.edr -cpo state_fep.cpt -nt 2 -dhdl dhdl-fep.xvg</p>
      <p style="margin: 0px;"> </p>
      <p style="margin: 0px;"> </p>
      <p style="margin: 0px;">I can add my .mdps but I do not think they
        are the problem since I know it works on my personal iMac.</p>
      <p style="margin: 0px;"> </p>
      <p style="margin: 0px;">Thank you,</p>
      <p style="font-family: monospace; white-space: nowrap; margin: 5px
        0px;">TJ Mustard<br>
        Email: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:mustardt@onid.orst.edu">mustardt@onid.orst.edu</a></p>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>