<div>&nbsp;</div><div>&nbsp;</div><div>&nbsp;</div><br>Hi Justin,<br><br><pre>.mdp and fourierspacing are at below, can you tell me where is not wrong?</pre><br><br><br>; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<br>; nblist update frequency<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5<br>; ns algorithm (simple or grid)<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>; Periodic boundary conditions: xyz (default), no (vacuum)<br>; or full (infinite systems only)<br>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br>; nblist cut-off&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<br>domain-decomposition&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br><br
 >; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<br>; Method for doing electrostatics<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME<br>rcoulomb-switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<br>; Dielectric constant (DC) for cut-off or DC of reaction field<br>epsilon-r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>; Method for doing Van der Waals<br>vdw-type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-off<br>; cut-off lengths&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>rvdw-switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2<br>; App
 ly long range dispersion corrections for Energy and Pressure<br>DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = EnerPres<br>; Extension of the potential lookup tables beyond the cut-off<br>table-extension&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>; Spacing for the PME/PPPM FFT grid<br>fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.12<br>; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used<br>fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>; EWALD/PME/PPPM parameters<br>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&n
 bsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-05<br>ewald_geometry&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 3d<br>epsilon_surface&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br><br>; GENERALIZED BORN ELECTROSTATICS<br>; Algorithm for calculating Born radii<br>gb_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Still<br>; Frequency of calculating the Born radii inside rlist<br>nstgbradii&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>; Cutoff for Born radii calculation; the contribution from atoms<br>; between rlist and rgbradii is updated every nstlist steps<br>rgbradii&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<br>; Salt concentration in M for Generalized Born models<br>gb_saltconc&nbsp;&nbs
 p;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br><br>; IMPLICIT SOLVENT (for use with Generalized Born electrostatics)<br>implicit_solvent&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<br><br>; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS<br>; Temperature coupling&nbsp; <br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = v-rescale<br>; Groups to couple separately<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = System<br>; Time constant (ps) and reference temperature (K)<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300<br>; Pressure coupling&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&
 nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic<br>; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4.5e-5<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>; Random seed for Andersen thermostat<br>andersen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 815131<br><br>; SIMULATED ANNEALING&nbsp; <br>; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)<br>annealing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>; Number of time points to use for specify
 ing annealing in each group<br>annealing_npoints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <br>; List of times at the annealing points for each group<br>annealing_time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <br>; Temp. at each annealing point, for each group.<br>annealing_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <br><br>; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300<br>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1993<br><br><br><br><br><br><br><div></div><br><pre><br>&gt;Message:&nbsp;4
&gt;Date:&nbsp;Tue,&nbsp;25&nbsp;Jan&nbsp;2011&nbsp;08:05:44&nbsp;-0500
&gt;From:&nbsp;"Justin&nbsp;A.&nbsp;Lemkul"&nbsp;&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;
&gt;Subject:&nbsp;Re:&nbsp;[gmx-users]&nbsp;V-rescale&nbsp;thermostat,&nbsp;PME,&nbsp;Estimate&nbsp;for&nbsp;the
&gt;        relative        computational&nbsp;load&nbsp;of&nbsp;the&nbsp;PME&nbsp;mesh&nbsp;part:&nbsp;0.97
&gt;To:&nbsp;Discussion&nbsp;list&nbsp;for&nbsp;GROMACS&nbsp;users&nbsp;&lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;
&gt;Message-ID:&nbsp;&lt;<a href="mailto:4D3ECAA8.60807@vt.edu">4D3ECAA8.60807@vt.edu</a>&gt;
&gt;Content-Type:&nbsp;text/plain;&nbsp;charset=UTF-8;&nbsp;format=flowed
&gt;
&gt;
&gt;
&gt;gromacs&nbsp;wrote:
&gt;&gt;&nbsp;HI&nbsp;Friends,
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;I&nbsp;get&nbsp;the&nbsp;following&nbsp;note,
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;The&nbsp;Berendsen&nbsp;thermostat&nbsp;does&nbsp;not&nbsp;generate&nbsp;the&nbsp;correct&nbsp;kinetic&nbsp;energy
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;distribution.&nbsp;You&nbsp;might&nbsp;want&nbsp;to&nbsp;consider&nbsp;using&nbsp;the&nbsp;V-rescale&nbsp;thermostat.
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;I&nbsp;want&nbsp;to&nbsp;keep&nbsp;the&nbsp;T&nbsp;at&nbsp;300K,&nbsp;so&nbsp;does&nbsp;it&nbsp;matter&nbsp;to&nbsp;select&nbsp;any&nbsp;thermostat&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;method?
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;
&gt;The&nbsp;choice&nbsp;of&nbsp;thermostat&nbsp;certainly&nbsp;does&nbsp;matter,&nbsp;otherwise&nbsp;you&nbsp;wouldn't&nbsp;get&nbsp;this&nbsp;
&gt;note.&nbsp;&nbsp;Refer&nbsp;to&nbsp;the&nbsp;numerous&nbsp;discussions&nbsp;in&nbsp;the&nbsp;list&nbsp;archive&nbsp;as&nbsp;to&nbsp;why&nbsp;one&nbsp;would&nbsp;
&gt;or&nbsp;would&nbsp;not&nbsp;(usually)&nbsp;use&nbsp;the&nbsp;Berendsen&nbsp;thermostat,&nbsp;as&nbsp;well&nbsp;as:
&gt;
&gt;http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Thermostats
&gt;http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Berendsen
&gt;
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;Another&nbsp;note&nbsp;when&nbsp;i&nbsp;use&nbsp;PME:
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;Estimate&nbsp;for&nbsp;the&nbsp;relative&nbsp;computational&nbsp;load&nbsp;of&nbsp;the&nbsp;PME&nbsp;mesh&nbsp;part:&nbsp;0.97
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;NOTE&nbsp;1&nbsp;[file&nbsp;aminoacids.dat,&nbsp;line&nbsp;1]:
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;The&nbsp;optimal&nbsp;PME&nbsp;mesh&nbsp;load&nbsp;for&nbsp;parallel&nbsp;simulations&nbsp;is&nbsp;below&nbsp;0.5
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;and&nbsp;for&nbsp;highly&nbsp;parallel&nbsp;simulations&nbsp;between&nbsp;0.25&nbsp;and&nbsp;0.33,
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;for&nbsp;higher&nbsp;performance,&nbsp;increase&nbsp;the&nbsp;cut-off&nbsp;and&nbsp;the&nbsp;PME&nbsp;grid&nbsp;spacing
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;So&nbsp;what&nbsp;is&nbsp;the&nbsp;reason?&nbsp;I&nbsp;use&nbsp;type=PME
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;
&gt;Your&nbsp;combination&nbsp;of&nbsp;settings&nbsp;(rcoulomb,&nbsp;fourierspacing,&nbsp;and&nbsp;perhaps&nbsp;a&nbsp;few&nbsp;
&gt;others)&nbsp;indicate&nbsp;that&nbsp;your&nbsp;simulation&nbsp;is&nbsp;going&nbsp;to&nbsp;spend&nbsp;an&nbsp;inordinate&nbsp;amount&nbsp;of&nbsp;
&gt;time&nbsp;doing&nbsp;PME&nbsp;calculations,&nbsp;so&nbsp;your&nbsp;performance&nbsp;will&nbsp;suffer.&nbsp;&nbsp;Seeing&nbsp;your&nbsp;
&gt;entire&nbsp;.mdp&nbsp;file&nbsp;would&nbsp;be&nbsp;necessary&nbsp;if&nbsp;you&nbsp;want&nbsp;further&nbsp;guidance.
&gt;
&gt;-Justin
&gt;
&gt;&gt;&nbsp;Is&nbsp;my&nbsp;setting&nbsp;proper?
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;Thanks
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;
&gt;--&nbsp;
&gt;========================================
&gt;
&gt;Justin&nbsp;A.&nbsp;Lemkul
&gt;Ph.D.&nbsp;Candidate
&gt;ICTAS&nbsp;Doctoral&nbsp;Scholar
&gt;MILES-IGERT&nbsp;Trainee
&gt;Department&nbsp;of&nbsp;Biochemistry
&gt;Virginia&nbsp;Tech
&gt;Blacksburg,&nbsp;VA
&gt;jalemkul[at]vt.edu&nbsp;|&nbsp;(540)&nbsp;231-9080
&gt;http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin
&gt;
&gt;========================================
&gt;
&gt;
&gt;------------------------------
&gt;
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