<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:10pt">On Wed, 26 Jan 2011 at 22:06:47 +0100 (CET), "battistia@libero.it" &lt;battistia@libero.it&gt; wrote:<br><br>I am forwarding this to the Gromacs Users' list because that is the<br>appropriate place for this.<br><br>&gt;excuse me if I am writing you directly. I read&nbsp; on gromacs web page your <br>&gt;advise about the implicit water, and I need to solve a problem for my phD work.<br><br>While at my age I could easily have forgotten writing some off hand comment<br>at some time, I do not recall that I ever gave any advice about implicit water.<br>To the best of my knowledge, I have never used it.&nbsp; The only comment I<br>can recall giving about water concerned not using -DFLEXIBLE in MD runs.<br><br>&gt;Can you help me about my problem? It is possible for you? anywhey very very
 <br>&gt;thanks!<br>&gt;<br>&gt;My problem:<br><br>Your problem is an example of why all gromacs questions should be sent to<br>the user's list rather than sending them privately.&nbsp; I absolutely do not have<br>any clue why grompp does not pick up the gbsa.itp file you mention below,<br>but I am sure somebody else might.<br><br>&gt;For my system I defined an atomtype in this way:<br>&gt;(I defined about 10 atoms type and for all I have got the same problem)<br>&gt;<br>&gt;[ atomtypes ]<br>&gt;; name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bond_type&nbsp; mass&nbsp;&nbsp; charge ptype&nbsp; sigma(nm)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; epsilon(kj/mol)<br>&gt;NLAPT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp; 0.314&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.29760&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.87672<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;if in the md.mdp file I set<br>&gt;; IMPLICIT SOLVENT
 ALGORITHM<br>&gt;implicit_solvent&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>&gt;<br>&gt;grompp tool give a good result, and mdrun can generate the good trajectories, <br>&gt;but if I use the implicit solvent :&nbsp;&nbsp; implicit_solvent&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = GBSA<br>&gt;<br>&gt;the tool grompp give the error:<br>&gt;<br>&gt;GB parameter(s) missing or negative for atom type 'NLAPT'<br>&gt;<br>&gt;Fatal error:<br>&gt;Can't do GB electrostatics; the implicit_genborn_params section of the<br>&gt;forcefield is missing parameters for 8 atomtypes or they might be negative.<br>&gt;For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br><span>&gt;website at <a target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a></span><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;so I put the following parameter in the gbsa.itp file the parameter:<br>&gt;<br>&gt;[
 implicit_genborn_params ]<br>&gt;<br>&gt;; atype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sar&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; st&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pi&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gbr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; hct<br>&gt;NLAPT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.155&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.028&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1488&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.79 ;&nbsp; N<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;but grompp give the error<br>&gt;<br>&gt;Couldn't find topology match for atomtype NLAPT<br>&gt;Aborted<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;Can you give me an idea in order to solve this problem?<br>&gt;Thank you very much!!!<br><div><br>My idea is that you should keep all gromacs related correspondence on<br>the gromacs users' e-mail list where somebody who actually knows<br>something might see it.<br><br><br>Sincerely,<br><br><br></div>-- <br>Bruce D. Ray, Ph.D.<br>Associate Scientist<br>IUPUI<br>Physics Dept.<br>402 N. Blackford
 St.<br>Indianapolis, IN  46202-3273<div><br></div>
</div><br>

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