<br /><br /><span>On 01/27/11, <b class="name">bharat gupta </b> &lt;bharat.85.monu@gmail.com&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:AANLkTim0eSTa7odDP-7K4gFStsvP7ZfRkzJcAKWXnaHg@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html">I actually don't understand exactly what u are asking .. since I am not an expert with gromacs.. </div></blockquote><br />Please leave the old context for the discussion in future emails. Only you are paying so much attention to your work that you can be sure of remembering things :-)<br /><br />If your simulation started with these strands unfolded, then your problem is somewhere else. However, you have to be able to tell us what was the initial conformation, and when your &quot;first trajectory frame&quot; (per last email) happened in the simulation.<br /><br />Mark<br /><br /><blockquote cite="mid:AANLkTim0eSTa7odDP-7K4gFStsvP7ZfRkzJcAKWXnaHg@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html"><div><br /></div><div>I don't know when is was written .. Here are some lines from the log files of simulation ...</div>
<div><div>Statistics over 1500001 steps using 300001 frames</div><div><br /></div><div>   Energies (kJ/mol)</div><div>          Angle    Proper Dih. Ryckaert-Bell.          LJ-14     Coulomb-14</div><div>    7.35090e+03    4.37413e+02    3.60104e+03    5.26705e+03    2.58894e+04</div>
<div>        LJ (SR)  Disper. corr.   Coulomb (SR)   Coul. recip.      Potential</div><div>    1.05399e+05   -2.92853e+03   -6.79288e+05   -1.07015e+05   -6.41286e+05</div><div>    Kinetic En.   Total Energy    Temperature Pres. DC (bar) Pressure (bar)</div>
<div>    1.03484e+05   -5.37802e+05    3.00003e+02   -2.37485e+02    1.02890e+00</div><div>   Constr. rmsd</div><div>    0.00000e+00</div><div><br /></div><div>          Box-X          Box-Y          Box-Z</div><div>    7.42618e+00    7.42618e+00    7.42618e+00</div>
<div><br /></div><div>   Total Virial (kJ/mol)</div><div>    3.44183e+04    3.40020e+01   -1.17357e+01</div><div>    3.42160e+01    3.45369e+04   -2.46337e+01</div><div>   -1.16644e+01   -2.48479e+01    3.44949e+04</div><div>
<br /></div><div>   Pressure (bar)</div><div>    1.99809e+00    9.48448e-02    4.57909e-01</div><div>    7.74354e-02    4.97824e-01    1.84797e+00</div><div>    4.52125e-01    1.86535e+00    5.90776e-01</div><div><br /></div>
<div>   Total Dipole (D)</div><div>   -1.86272e+02    4.46310e+01    2.08554e+02</div><div><br /></div><div>      T-Protein  T-non-Protein</div><div>    2.99904e+02    3.00013e+02</div><div><br /></div><div><br /></div><div>M E G A - F L O P S   A C C O U N T I N G</div>
<div><br /></div><div><br /></div><div>There were in total 1502 frames (as shown in VMD )... </div><div><br /></div><div>I don't know about how it compared with the coordinates of the structure that I gave to grompp</div><div>
<br /></div><div>--------</div><div><br /></div><div>Pls guide</div><div><br /></div><div><br /></div><div><br /></div><br />-- <br />Bharat<br />Ph.D. Candidate<br />Room No. : 7202A, 2nd Floor<br />Biomolecular Engineering Laboratory<br />Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br />
Pusan National University<br />Busan -609735<br />South Korea<br />Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343<div>Mobile no. - 010-5818-3680<br />E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="1">monu46010@yahoo.com</a></div>
<br />
</div>
</div></blockquote>